После этого В. фон Браухич безропотно воспринял назначение В. Кейтеля начальником штаба А. Гитлера и получение последним портфеля военного министра. По некотором данным, из партийной кассы за это он получил порядка 88 тысяч марок, после чего согласился с изменениями на высшем кадровом уровне.
Первыми были вынуждены уйти начальник управления кадров генерал-лейтенант В. фон Швельдер, который сопротивлялся попыткам нацистов поставить своих людей на ключевые должности в Вермахте. На место Швельдера был назначен брат шефа ОКВ Бедевин Кейтель.
Пришлось уйти в отставку многим видным немецким военачальникам. В их числе были генералы В. фон Лееб, Э. фон Клейст, О. Люц и многие другие. На смену этим людям пришли нацисты. Историк Тейфорд Тейлор писал: «Чтобы заполучить новое место, Браухич не погнушался пойти на уступки, от которых дурно пахло, и поставил себя в постоянную зависимость от Геринга, Кейтеля и самого Гитлера. Принципы были принесены в жертву ради личной выгоды, и офицерской корпус за это вскоре дорого поплатился».
Через шесть недель после вступления в должность Браухича началась серия бескровных побед Вермахта в Австрии и Чехословакии. Во время Судетской кампании В. фон Браухич встал перед серьезной дилеммой. Он, как и подавляющее большинство немцев, считал, что Судеты должны быть возвращены Германии, но серьезно сомневался в реальности этой перспективы. Договорными обязательствами с Чехословакией были связаны и Франция и Великобритания, поэтому любое нападение на Чехословакию грозило Германии серьезной войной на Западе. Но его жена-нацистка не уставала повторять тезис о величии Германии и о ее исключительных возможностях завоевания господства в мире. С другой стороны, генералы Л. Бек и Ф. Гальдер убеждали В. фон Браухича в том, что Гитлер своими территориальными претензиями к Чехословакии неизбежно втянет Германию в новую большую войну, к которой она не готова.
В. фон Браухич колебался до середины мая 1938 года. 21 мая чешские полицейские застрелили двух судетских фермеров немецкого происхождения. К тому времени Германия уже сконцентрировала свои войска на границе с Чехословакией. В Чехословакии была объявлена мобилизация, которую Гитилер воспринял как угрозу агрессии со стороны этой страны. 28 мая он вызвал в берлинскую имперскую канцелярию Геринга, Браухича, Кейтеля и других видных деятелей Германии и объявил свое желание, чтобы Чехословакия была стерта с политической карты, а 30 мая фюрер подписал приказ о разработке плана операции «Грюн».
По плану этой операции планировалось нанести два глубоких проникающих удара, которые должны были взломать оборону чехов на избранных направлениях, взять их армию в «клещи» в Моравии и заставить ее капитулировать. Это был классический прием, который, однако, требовал предварительного решительного массирования сил и средств на направлениях главных ударов и ослабления других участков фронта. Гитлер был противником этого.