Гибель коллекций и дневников была, конечно, страшным ударом для молодого натуралиста, притом ударом как морального, так и материального характера, ибо он рассчитывал на продажу собранных научных ценностей. Однако он не унывал и деятельно принялся за обработку ранее переправленного в Англию материала – коллекций и записей. Уже через год по возвращении на родину он выпускает брошюру ботанического содержания «О пальмах Амазонки и их пользе» и одновременно описание своего путешествия по Амазонке и Рио-Негро («Travels on the Amazon and Rio Negro»). Хотя последняя книга и была переиздана в 1900 году четвертым изданием, научное значение ее, конечно, не может идти в сравнение со значением его позднейшего произведения «Малайский архипелаг», что вполне понятно ввиду утраты дневников и записей. В своих дальнейших работах Уоллес избегает говорить о своих наблюдениях, сделанных в Бразилии, и, например, в «Тропической природе», описывая американские тропики, гораздо чаще цитирует работы Бейтса и Белта. Как бы то ни было, отправившись в свое первое путешествие простым любителем-самоучкой, Уоллес вернулся через 4 года зрелым ученым с большим запасом опыта и наблюдений.
Использовав по мере возможности скудные результаты амазонского путешествия и оправившись после болезни, Уоллес стал разрабатывать план нового путешествия в тропики, на этот раз в азиатские, именно на мало в то время исследованные острова Малайского архипелага. Теперь он уже не строил своих планов на шатком фундаменте продажи коллекций. Познакомившись с влиятельным уже в то время молодым профессором Томасом Гексли, Уоллес заинтересовал его своими планами, и Гексли удалось выхлопотать ему правительственную субсидию и рекомендации, сильно облегчившие его работу. Помимо этого финансовую помощь оказал ему богатый коллекционер Вильям Саундерс. В 1854 году Уоллес отправился в свое малайское путешествие, из которого вернулся лишь через 8 лет уже известным ученым, разделившим славу с самим Дарвином. Малайское путешествие Уоллеса сыграло решающую роль в формировании его научных взглядов и обогатило науку огромным количеством фактов.
Опишем сначала маршрут путешествия, что сделать не так-то просто, ибо последовательного маршрута в общепринятом смысле у Уоллеса не было: он, что называется, «колесил» по Малайскому архипелагу и исколесил его вдоль и поперек, подолгу останавливаясь в особенно интересных и добычливых местах и часто по нескольку раз посещая один и тот же остров. Прибыв в главный центр английского могущества в Юго-Восточной Азии – Сингапур, Уоллес совершил оттуда краткую экскурсию на Малайский полуостров и поднимался там на гору Офир. После этого он в конце 1854 г. направился на остров Калимантан, причем долгое время жил у английского губернатора княжества Саравак мистера Брука. На Калимантане Уоллес пробыл весь 1855 год, причем работа его шла необычайно плодотворно: было собрано до 2000 новых видов насекомых и птиц, были сделаны чрезвычайно обстоятельные наблюдения над жизнью орангутана, которые до сих пор фигурируют во всех описаниях этой обезьяны и считаются классическими. Наконец, в Сараваке же Уоллес приобрел двух помощников: малайского мальчика Али и молодого англичанина Чарлза Аллена, которые верой и правдой служили ему на протяжении его путешествия и немало способствовали его успеху. Распростившись с Сараваком, Уоллес вернулся в Сингапур, чтобы оттуда перебраться в восточный угол архипелага – сначала на острова Бали и Ломбок, а потом в Макасар на острове Сулавеси и, наконец, в самом конце 1856 года на далекий Аруанский архипелаг, населенный папуасами.