По словам Уолта Смита, одного из членов группы, «Маджестик-12» занималась не только «летающими тарелками», но и проблемой психологической войны. Также группа, по некоторым документам министерства обороны, под видом изучения «тарелок» вела разработку электронного оружия, опираясь на поддержку Пентагона. Одна из теорий утверждает, что «Маджестик-12» сыграла важную роль в операции «Скрепка».
В конце Второй мировой войны правительство США вывезло из Германии ученых, работавших в концлагерях и ставивших эксперименты на людях и животных. Их держали в секретных подземных бункерах и закрытых лабораториях. Проект назывался Operation Paperclip (операция «Скрепка»). В 1966 году в полицию Нью-Мексико стали поступать заявления от фермеров: домашние животные пропадают из стада, трупы коров и овец находят неподалеку от ферм. У животных обычно удалены глаза, уши, язык, губы, вырезано вымя, анус, половые органы. Никаких признаков борьбы вокруг, нет и крови животного.
Вскоре полиция стала обнаруживать и трупы людей с ужасными ранами. Расследование вело ФБР, вывод оказался неутешительным: «Исследование не сумело идентифицировать каких-либо индивидуумов, ответственных за нанесение увечий животным и людям». Вероятно, никто не собирается разглашать истинную причину злодеяний. Между тем этот жуткий феномен существует и сейчас. По уверениям теоретиков и по многим недоказанным версиям, это работа «Скрепки».
Нацисты живут в Антарктиде?
На месте секретной военно-воздушной базы в Монтоке, штат Нью-Йорк, предполагалось создать национальный парк. Но вместо этого в начале 1950-х появился мощный подземный комплекс Montauk Point с закрытыми лабораториями, сверхновым оборудованием, где проводились чудовищные эксперименты над людьми. Проект получил название «Феникс». Предположительно, в лабораториях работали пленные нацисты, создавая психотронное оружие. Изучалось управление сознанием подопытного с помощью импульсной мощности излучения, равной 0,5 МВт. Такое излучение может уничтожить функциональную активность мозга, нанести серьезный вред нервной системе, обжечь легкие. Есть сведения, что электромагнитные эксперименты продолжаются и поныне.
Но самая непостижимая теория заговора утверждает, что «Монток» — это военная подлодка-невидимка, путешествующая во времени. Якобы она была построена в Антарктиде. Конспирологи пытаются доказать, что загадочная субмарина сбила самолеты Swiss Air 111 в 1998 году и Egypt Air 990 в 1999 году. Утверждают, что эти катастрофы — совместная работа масонской секты Совета национальной безопасности и нацистов, которые были оставлены на субмарине «Монток» после Второй мировой войны.