Насколько Строганов был нейтрален в разного рода политических делах, особенно в конце своей жизни, и насколько эта нейтральность ценилась, видно хотя бы из того, что он, несмотря на свою долголетнюю дружбу с Екатериной II, при новом царствовании не только остался в числе приближенных лиц императора Павла I, но и получил новые милости: тотчас по восшествии на престол император произвел его в обер-камергеры и пожаловал орденом Иоанна Иерусалимского, 21 апреля 1798 года возвел его в звание графа Российской империи, назначил, как уже упомянуто, президентом Академии художеств и, кроме того, директором Публичной библиотеки, при которой Строганов позже организовал группу лиц, занявшихся проектом ее расширения, и общество для печатания книг и переводов; наконец, этим же императором Строганову была поручена постройка Казанского собора. Такою же благосклонностью пользовался он и при Александре I: он был назначен членом главного управления училищ, ему же поручалось управление Петербургским учебным округом, во время отсутствия попечителя. Состоя в течение 27 лет (с 1784 года) петербургским предводителем дворянства, Строганов в 1803 году участвовал в депутации к государю для объяснения сенатского дели о сроке службы дворян, в 1806 году был в числе депутатов, поднесших от имени Сената Александру I благодарственный адрес по случаю изданного 30 августа этого года Манифеста о предстоящей с Францией войны, на ведение которой им было пожертвовано 40 000 рублей; наконец, при учреждении Государственного совета — был назначен в числе первых его 27 членов.
Последние 10 лет своей жизни Строганов почти всецело посвятил постройке Казанского собора. Несмотря на старческий возраст, он не щадил ни сил, ни здоровья, вникал сам во все детали постройки, взбираясь на леса и лично делая разнообразные указания. К работам были привлечены Строгановым исключительно русские силы, во главе которых стал упомянутый выше архитектор Воронихин. 15 сентября 1811 года собор был освящен. В этот день вследствие дурной погоды Строганов жестоко простудился. Произнесенные им евангельские слова — «Ныне отпущаеши раба твоего, Владыко, с миром», с которыми он подошел под благословение к митрополиту во время освящения собора, оказались пророческими: 27 октября он скончался. К. П. Батюшков в письме к Гнедичу образно и довольно метко охарактеризовал Строганова: «Был русский вельможа, остряк, чудак, но все это было приправлено редкой вещью — добрым сердцем».
Постройка собора, роскошный образ жизни, широкое гостеприимство, устройство одной из лучших в России картинных галерей, собирание ценных редкостей, благотворительные дела, наконец, покровительство талантам и вообще роль мецената в хорошем смысле слова — все это значительно расстроило даже его громаднейшие богатства, состоявшие в землях, лесах, крепостных, соляных варницах, заводах и пр. Сыну Строганова, помимо имуществ, достался громадный долг, на сумму около 3 миллионов рублей, для погашения которого оказалось необходимым обратиться к правительственной ссуде.