Из нижегородской ссылки Флоренский был возвращен благодаря ходатайству Е. П. Пешковой, но обстановка в Москве была такой, что Флоренский говорил: «Был в ссылке, вернулся на каторгу». А 20 июля 1933 года он осужден особой «тройкой» на 10 лет и отправлен по этапу в восточносибирский лагерь «Свободный»; через год — в Соловецкий лагерь особого назначения, где занимался проблемой добычи йода и агар-агара из морских водорослей и сделал более 10 запатентованных научных открытий и изобретений. 25 ноября 1937 года Флоренский был вторично осужден «без права переписки» — это нынче прочитывается однозначно… Дело в отношении П. А. Флоренского прекращено производством за отсутствием в его действиях состава преступления 6 мая 1959 года.
Научная реабилитация его началась с конца 60-х годов. Теперь с его именем связывают синтез гуманитарных и технических наук, что необходимо для утверждения нравственных ориентиров в их развитии. Культура мысли, целостность и глубина научной позиции, деятельность в ее неразрывной связи с окружающим миром — именно эти уроки преподает нам сегодня Флоренский через свое наследие.
Флоренский предупреждал о гибельности бездуховного пути культуры. Но в то время, когда он писал об этом, казалось невероятным, что уже XX век приведет культуру (да и всё человечество) к возможности самоуничтожения.
Мысли Флоренского, провозглашавшего борьбу против всяческой расовой, национальной, индивидуальной обособленности и разобщенности, использует и современная богословская наука. Теологи высказывают мнение, что Флоренский обогатил богословие лучшими достижениями философии, привнеся в теологию диалектический метод. Сам же Флоренский, отмечая в диалектическом методе развитие «многих, сплетающихся друг с другом и переходящих друг в друга»[28] тем, образующих «единое целое», в богословии отводил диалектике роль «пульса» к богообщению, считая её процессом мысли — «мысли в её движении».
Современников поражала не только глубина научных воззрений Флоренского, но и его благоговейное отношение к священству. Получение священства имело жизнеопределяющее значение: он считал это «даром благодати». По мнению С. Н. Булгакова, его исключительная научная одаренность являлась чем-то «второстепенным и несущественным», а самым главным в жизни, «духовным центром его личности было его священство»[29].
Священство стало переломом в жизни Флоренского. Хотя к советской власти он относился «как к единственной реальной силе, могущей провести улучшение положения массы»[30], но за священство в то время заплатил своей жизнью. В письме родным из Соловецкого лагеря от 13 февраля 1937 года Флоренский с горечью писал: «Свет устроен так, что давать миру можно не иначе, как расплачиваясь за это страданиями и гонениями. Чем бескорыстнее дар, тем жестче гонения и тем суровее страдания. Таков закон жизни»