Но проблема человеческого духа имела для Декарта (можно сказать, и для его эпохи) множество других аспектов. Далеко не все в нем поддавалось познанию средствами картезианской методологии. Это относится прежде всего к человеческой психике.
Проницательный исследователь, размышляя над действиями животных, подметил, что они состоят не только в тех непроизвольных движениях, которые впоследствии получили наименование безусловно-рефлекторных. Например, в § 50 «Страстей души» Декарт описывает такое явление: обычно собака, увидев куропатку, бросается к ней, а услышав выстрел, пускается наутек, однако легавых собак охотник дрессирует так, что при виде куропатки они замирают, а после выстрела бегут, чтобы ее схватить. Здесь Декарт (впервые написавший об аналогичном явлении в одном из своих писем к Мерсенну еще в 1630 г.) отмечает наличие у животного и элементов условно-рефлекторной деятельности, которая в сущности не укладывается в его концепцию полного автоматизма действий животного.
Тем более противоречит этой концепции человеческое поведение, определяемое психикой. Как в своих произведениях, так и в письмах Декарт постоянно подчеркивает способность человека к произвольным действиям, свидетельствующим о наличии у него свободной воли, отсутствующей у животного. В V части «Рассуждения о методе» высказывается принципиально важная мысль о том, что свободная воля человека неотделима от его разума, этого «универсального орудия». Если животное в качестве механизма способно к целесообразным действиям лишь в строго определенных условиях, то человек, располагающий разумным «орудием», способен к такого рода деятельности в любой ситуации. Другое, не менее важное, отличие человека, также являющееся следствием наличия у него разума, — это присущая ему осмысленная речь, делающая возможным обмен мыслями между людьми (говорящие птицы издают звуки механически; с другой стороны, глухонемые, не владея устной речью, обмениваются мыслями при помощи знаков).
Все эти факты, которые в ту эпоху не могли получить естественнонаучного и тем более диалектического осмысления, укрепили убеждение Декарта в особом положении человеческого разума. Эта его важнейшая позиция обосновывалась и принципами его методологии, в особенности принципом «Я мыслю», связывающим человеческое существование только с мышлением, понимаемым как акт полностью духовный, бестелесный. Перечеркнув вековые представления о растительной и чувствующей душе, Декарт тем сильнее настаивал на существовании души разумной, бестелесной. Принцип «Я мыслю» означал чисто интроспективное понимание сознания, трактуемого как тот основной феномен, который дан человеку непосредственно богом. Эта религиозно-монотеистическая установка, неотделимая и от мистических представлений, согласно которым во «внутреннем человеке» живет прямое, хотя и очень слабое отражение внеприродного бога, в течение многих веков развивалась в христианско-августинианской традиции. Декарт, конечно, был с нею знаком, но он радикально изменил, рационализировал ее и как ученый, и как философ. Его понимание интроспекции как глубоко личностной мысли, неразрывно связанное с идеалистическим утверждением особой, бестелесной субстанции, в сущности полностью лишено мистических оттенков. Даже то, что принцип «Я мыслю» увязывался с существованием бога, объяснялось, как мы видели, намерением подвести самый надежный фундамент под утверждение о существовании незыблемого, совершенно достоверного знания.