Еще одна проблема картезианской гносеологии — проблема заблуждения. Оно становится совсем непонятным, если знание вытекает из ясности и отчетливости интеллектуальных интуиций, предопределенных врожденными идеями. Решение проблемы заблуждения Декарт искал, обращаясь к фактору воли.
Понятие воли играло огромную роль в истории позднеантичной, вернее, даже раннехристианской философии, когда углубление в структуру личности выявило, что воля, без которой невозможна никакая человеческая деятельность, сплошь и рядом берет у людей верх над фактором рассудочно-разумным. Здесь можно даже говорить о значительном философском открытии, которое, однако, было включено в богословский, мистико-фидеистический контекст. Воля как неотъемлемое свойство человеческой личности была сверхабсолютизирована и приписана внеприродному богу. Его всемогущество в сущности синоним абсолютной безграничности божественной воли. Августин в своей системе теоцентрических воззрений огромное внимание уделял проблеме соотношения свободы человеческой воли с неизмеримо превосходящим ее таинственным божественным провидением. В XVII в. августинианство сохраняло большое влияние во Франции и в других странах Западной Европы, и не только в религиозных кругах.
В числе трех чудес, неразрешимых загадок, заданных мистифицирующим богом человеческому уму, Декарт в своих самых ранних записях назвал и свободную волю человека. Ведь даже при поверхностном взгляде она ставит человека с его столь многосторонней деятельностью над всем животным миром. При этом в августинианской традиции (а в сущности и в любой монотеистической) в понятие свободной воли входит как важнейший признак ее недетерминированность, мысль о которой рождается исключительной трудностью предвидения даже собственных действий.
По мере укрепления на позициях рационалистической методологии Декарт отходил от своей юношеской позиции — признания свободной воли необъяснимым феноменом, «чудом». В некоторых местах его произведений и писем видна тенденция к максимальному сближению понятий сознание (conscientia), куда можно отнести не только чувственные, но и волевые феномены человеческой психики, и мышление (cogitatio), главное содержание которого составляет высшая познавательная деятельность, приводящая нас к совершенно достоверному знанию. Но с другой стороны, эти понятия и различались. Свободная воля, без которой невозможна человеческая деятельность, не только выпадала из-под воздействия анализирующего мышления, но даже противостояла ему. Понятия разума ясны, отчетливы, достоверны, и эти их качества, свидетельствующие об их независимости от воли, не могут ввести в заблуждение. Но воля, побуждая человека к действиям, заставляет его утверждать или отрицать мыслимое. Более того, воля обширнее разума, познание которого всегда конкретно, определенно. Распространяя свою волю за пределы ясно и четко мыслимого, приписывая реальность химерическим существам и отрицая ее у объектов, глубоко познанных, но по тем или иным причинам не отвечающих его склонностям и вкусам, человек высказывает ложные суждения и совершает ошибочные действия.