Декарт отличался равнодушием к догматам официальной христианской религии, в которых он был воспитан. В I части «Рассуждения о методе» можно прочесть, как молодой автор почитал богословие и не менее других стремился обрести небесное блаженство. Но, достоверно узнав, что путь к нему одинаково открыт как ученым, так и невеждам и определяется сверхразумным откровением, он решил не подвергать его своему «слабому рассуждению», ибо для этого нужно «быть более, чем человеком». Не трудно увидеть в этом небольшом рассуждении скрытую иронию философа по отношению к официальной религиозной догматике. Декарт был не в силах скрыть философскую суть своей трактовки религии. Так, во II части того же произведения он пишет, что «истинная религия, заповеди которой установлены самим Богом, должна быть несравненно лучше устроена, чем какая-либо другая». Под «истинной религией» автор явно подразумевает здесь деистическую «естественную религию», уравниваемую с нравственностью и получавшую тогда все более широкое распространение среди интеллектуальной элиты.
Тот факт, что решение Декартом вопросов религии и морали было философским, явствует даже из его обращения к докторам богословия Сорбонны (одобрения которых он добивался), предваряющего «Размышления о первой философии». Автор с первых строк пытается убедить их в том, что вопросы о боге и душе — основные предметы его анализа — лучше раскрывать посредством доводов философии, чем богословия. Не менее красноречиво и то, что в заголовке первого издания этого произведения содержались слова: «… в которых доказывается существование Бога и человеческой души», во втором же издании, появившемся в следующем году, в его название была внесена существенная поправка: «… в которых доказывается существование Бога и отличие человеческой души от тела». Конечно, эта поправка более точно выражала философское содержание «Размышлений», особенно если учесть, что положение о бессмертии человеческой души составляет краеугольный камень подлинно религиозной морали (и не только христианской). Тем самым к моральной проблематике Декарт подходит не с религиозных, а с философских позиций, хотя и с идеалистических.
Об этом мы можем судить и по III части «Рассуждения о методе», трактующей «некоторые правила морали». Теоретически наиболее интересно третье правило, в котором автор заявляет о своем стремлении «побеждать скорее себя, чем судьбу, изменять свои желания, а не порядок мира и вообще привыкнуть к мысли, что в полной нашей власти находятся только наши мысли…». Как эти слова, так и последующие рассуждения Декарта свидетельствуют о восприятии им этических принципов античного стоицизма, ставших в том столетии хорошо известными и популярными, разумеется, среди интеллектуальной элиты. Характерно, что и обсуждение вопросов этики в переписке с принцессой Елизаветой было стимулировано книгой Сенеки «О блаженной жизни».