Отрицая сам факт того, что «эвакуация» Анатолия Собчака явилась хорошо спланированной спецоперацией, Владимир Путин, однако, признаёт, что момент вылета Собчака был выбран весьма удачно: «Поскольку это было 7 ноября, когда страна начала праздновать, то его отсутствие в Санкт-Петербурге обнаружилось только 10-го».
13 сентября 1998 года Генеральная прокуратура России возбудила уголовное дело в отношении Анатолия Собчака по статьям «Взятка» и «Злоупотребление должностными полномочиями». Собчак проживал в Париже до 12 июля 1999 года. Читал лекции в Сорбонне и других французских университетах. 10 ноября 1999 года уголовное дело против Собчака было прекращено за отсутствием состава преступления.
21 декабря 1999 года, уже вернувшись в Россию, Анатолий Собчак проиграл выборы в депутаты Госдумы РФ кандидату от «Яблока» Петру Шелищу и объявил, что принял решение участвовать в выборах губернатора Санкт-Петербурга.
14 февраля 2000 года Анатолий Собчак был назначен доверенным лицом кандидата в Президенты Российской Федерации В.В. Путина и возглавил Политический консультативный совет демократических партий и движений Санкт-Петербурга. После чего Собчак совершенно неожиданно умер во время поездки в Калининградскую область, предпринятой им в рамках предвыборной кампании Путина: он скончался в ночь с 19 на 20 февраля 2000 года в гостинице «Русь» г. Светлогорска в результате, как сообщалось в официальном заключении, острой сердечной недостаточности.
Анатолий Собчак был похоронен 24 февраля 2000 года в Санкт-Петербурге на Никольском кладбище Александро-Невской лавры.
После этого по стране сразу поползли слухи об убийстве первого мэра северной столицы, который «слишком много знал». В этих слухах также фигурировали версии об отравлении Собчака алкоголем, а также о том, что остановка сердца наступила в результате принятия им слишком большой дозы… виагры.
В результате, 6 мая 2000 года, через два с половиной месяца после смерти А.А. Собчака, прокуратурой Калининградской области было возбуждено уголовное дело по факту убийства (отравления). Однако вскрытие тела Собчака, произведённое в Санкт-Петербурге, констатировало отсутствие как алкоголя, так и другой причины отравления. 4 августа 2000 года Калининградская прокуратура закрыла дело.
Стоило ли Анатолию Собчаку вообще возвращаться в Россию?
Вопрос, думается, риторический. Приведём, наконец, последнюю цитату из интервью Марины Салье для «Радио Свобода», которое состоялось в феврале 2010 года: «Как только Борис Николаевич отдал бразды правления Владимиру Владимировичу, Анатолий Александрович решил, что теперь всё в порядке, он – неподсуден. И под такой защитой, как Владимир Владимирович, он спокойно может вернуться в Россию. Что он и сделал. И был абсолютно неправ. И был абсолютно неправ! Дело кончилось плохо.