После похорон Ксения поселилась в Подсосенском монастыре около Троице-Сергиева. Вместе с ней тут оказалась одна из жертв ее отца — ливонская королева Мария Владимировна, внучка Евфросинии Старицкой, которая была выдана за датского принца Магнуса еще самим Иваном Грозным. Годунов после смерти ее мужа обманом выманил Марию из Ливонии, так как видел в ней соперницу по праву на царский престол, разлучил с дочерью, которая вскоре умерла (уверяли, что Борис позаботился и об этом), и насильно постриг в монахини. Разумеется, он и представить себе не мог, что когда-нибудь его любимая дочь будет делить судьбу и монастырскую крышу с этой заживо им похороненной правнучкой Ивана III.
Ксения, учившаяся лицевому шитью на работах Евфросинии Старицкой, была рада встретиться с наследницей Старицкой по крови. Возможно, они вспоминали умершую, говорили о ее рукодельной мастерской. Когда под стенами Троице-Сергиева монастыря встали войска Лжедмитрия II, Ксения оказалась там вместе с ливонской королевой — так звали Марию, несмотря на монашеское платье. В монастыре укрылись жители многих окрестных сел. Знаменитая осада длилась почти полтора года и закончилась поражением поляков: осаждавшие не смогли взять монастырскую крепость, защитники которой показали чудеса храбрости. Все беды и трудности осажденных разделила и Ксения.
Поразительно, что оставляет нам иногда история на память. Сколько бумаг, книг несравнимо более позднего времени безвозвратно погибло, но до наших дней чудом сохранилось письмо Ксении, написанное ею в осажденном монастыре и посланное в Москву тетке, княгине Домне Ноготковой (родной сестре жены царевича Ивана, убитого отцом Иваном Грозным). В письме от 29 марта 1609 года Ксения сообщает, что она «в своих бедах чуть жива... и впредь, государыня, никако не чаем себе живота, с часу на час ожидаем смерти, потому что у нас в осаде шатость и измена великая. Да у нас же за грех за наш моровая поветрея, всяких людей изняли скорби великия смертныя, на всякой день хоронят мертвых человек по 20 и по 30 и больши»[66]. Эти строки — подлинный голос Ксении Годуновой, уже не в пересказе слушателей ее плача, не в поэтической интонации песни, а в строгой неоспоримости документа.
После снятия осады Ксения в начале 1610 года переехала вместе с ливонской королевой в Москву, в Новодевичий монастырь. Однако судьба не оставила ее бедами. Вскоре казаки Ивана Заруцкого, который после смерти Лжедмитрия II взял под свое покровительство Марину Мнишек, напали на Москву и разграбили Новодевичий монастырь. «А когда Ивашка Заруцкий с товарищами Девичий монастырь взяли, то они церковь божию разорили и черниц — королеву, дочь князя Владимира Ондреевича, и Ольгу, дочь царя Бориса, на которых прежде взглянуть не смели, ограбили донага, а других бедных черниц и девиц грабили и на блуд брали»,— говорится в одной из грамот того времени.