Тела казненных апостолов тщательно охраняли члены церкви. Рассказывают, будто группа еврейских христиан пыталась выкрасть останки и перевезти их на Восток, однако попытка оказалась безуспешной. На какое-то время великие апостолы снова встретились, теперь уже посмертно: их поместили рядом в Платонии — «мраморной гробнице», скрытой под церковью Святого Себастьяна на Аппиевой дороге. Римляне первого века называли это место ad catacumbas — то есть «в пещерах», — очевидно, имея в виду природный рельеф земли. Слово «катакомбы» изначально относилось только к данной гробнице и лишь в средние века приобрело свое современное значение и стало обозначать любое подземное кладбище.
Когда Константин Великий наконец-то принял христианство, он удостоил святых заслуженных почестей. Тело Павла лежало в римской гробнице, среди виноградных лоз, в живописном уголке, образованном пересечением Остийской дороги и пешеходной тропы вдоль берега Тибра. Константин велел поместить тело Павла (как и раньше тело Петра) в металлический гроб, а поверх поставить массивный золотой крест. Позже над могилой выстроили часовню.
Это была первая базилика San Paolo fuori le Mura — Святого Павла-Вне-стен. При следующих правителях здание неоднократно расширялось и перестраивалось. Церковь Павла-Вне-стен и храм Святого Петра стали величайшими базиликами Рима. Великолепная колоннада со свинцовой крышей тянулась на протяжении двух миль — от церкви до городских ворот (к сожалению, она не сохранилась до наших дней). Величайшей трагедией стало разрушение старого храма Святого Петра в 1506 году и уничтожение церкви Павла-Вне-стен в огне пожара, случившегося 15 июля 1823 года.
Той ночью папа Пий VII лежал при смерти. Он очень любил церковь Святого Павла, где в свое время был монахом. И никто не посмел рассказать умирающему папе, что в этот самый миг огонь пожирает драгоценные фрески и мозаику на стенах церкви; что великолепные колонны, перенесенные с Форума, и прочие сокровища, которые придавали уникальность церкви, гибнут в пламени. Утром от базилики практически ничего не осталось. Лишь по счастливой случайности арка, возведенная над могилой апостола, защитила ту от разрушения. По сути, гробница Павла единственная уцелела от всей базилики.
Потребовалось тридцать лет, чтобы восстановить церковь по прежнему образцу. Иноземные короли присылали мраморные колонны для украшения базилики. Среди тех, кто внес свой вклад (редкие породы мрамора), был и Мегемет-Али, уроженец македонского города Кавала, где Павел впервые ступил на землю Европы.