Приемы, блестяще разработанные им в светских постройках, зодчий успешно использует при создании Скорбященской церкви на Ордынке, усадебного храма в селе Влахернском, церкви в усадьбе Пехра-Яковлевское. В этих постройках 1779–1786 гг. он умышленно придает колоннам тяжеловесность, подчеркивая их функциональное назначение.
Необычным получился его проект церкви в древнерусском стиле, осуществленный им в эти годы в Старках-Черкизове, в усадьбе князя Черкасского, что под Коломной. Соединив старорусскую архитектурную традицию и готику, Баженов добился совершенно исключительного эффекта, создав своего рода архитектурную сказку, легкую и изящную, внушительную и очень русскую.
Тем временем драма вновь разыгрывается на страницах истории его жизни. В результате сложной дворцовой интриги у Екатерины II складывается впечатление, что и деньги на строительство зданий в Царицыно затрачены понапрасну, и вышло бог весть что.
Достраивать Царицыно поручено ученику Баженова – Казакову. Что-то из задуманного и уже построенного Баженовым сохранилось, что-то было под давлением венценосной заказчицы порушено безвозвратно. Судьба Цырицыно оказалась не менее драматичной, чем судьба его великого создателя: в 1793 г. строительство дворца было завершено, он был покрыт временной крышей, но в 1796 г. после смерти Екатерины все строительные работы были прекращены, дворец, как и другие царицынские постройки, был заброшен. Лишь в 1872 г. было начато восстановление уникального архитектурного комплекса.
Отстранение от царицынского проекта Василий Иванович воспринял болезненно. Вслед за этим ухудшилось зрение, болело сердце, и Баженов в декабре 1786 г. обращается к графу А. А. Безбородко, первому секретарю императрицы по принятию решений, с просьбой продлить отпуск с сохранением жалованья. В случае отказа Баженов согласен был на отставку, но с пенсией. Прошение удовлетворено. Баженов уволен для поправления здоровья на один год.
Немного поправив здоровье, Баженов в 1780 г. создает, по заказу П. А. Демидова, проект здания Московского университета. Увы, и этот оригинальный проект остается неосуществленным. Оставалось обратиться к частным заказам – вот тогда-то и был построен по проекту Баженова дом генерал-поручика И. И. Юшкова на Мясницкой, 21.
Но особый разговор – о другом доме, построенном по проекту Баженова в эти годы. В усадьбе лейб-гвардии Семеновского полка капитан-поручика Петра Егоровича Пашкова на Моховой, недалеко от Каменного моста, на возвышении, возводит Баженов волшебный замок. Это здание (или как его называют «Пашков дом») сохранилось и поныне как часть комплекса зданий Российской государственной библиотеки. На протяжении вот уже третьего столетия «Пашков дом» называют жемчужиной русского зодчества…