П. К. Пономаренко чувствовал себя уязвленным. Его предложение предоставить партизанским командирам максимальную самостоятельность, возражения против военизации партизанских формирований, создания партизанских дивизий и корпусов, которые бы состояли в основном из диверсионных групп, сведенных в роты, отряды, бригады и даже корпуса, не выдерживали критики. Больше того, начальник ЦШПД не раз в узком кругу высказывал мысль, что «партизанским движением надо не командовать, а руководить. А руководит им ЦК партии». Это верно — партизанским движением руководила коммунистическая партия, но партизанскими силами, которые возникли в результате партизанского движения, надо командовать. Это исходило и из ленинского учения о том, что «партизанские выступления не месть, а военные действия».
Какие основания для такого решения были у Сталина? Успех партизанской войны мог вновь поднять авторитет опального маршала. Ликвидируя пост Главкома партизанским движением, Сталин, по сути, принимал на себя руководство партизанским движением как руководитель Коммунистической партии и как Верховный Главнокомандующий всеми Вооруженными Силами, а партизанские силы были нашим вторым фронтом. Сталин, безусловно, знал, что Первый секретарь ЦК КП Белоруссии П. К. Пономаренко не имел ни военного образования, ни специальной партизанской подготовки, но Верховный и сам не представлял о том, в какой подготовке нуждались командиры и специалисты партизанских формирований.
Ликвидация поста Главнокомандующего партизанским движением привела к резкому уменьшению возможностей осуществления внезапных сокрушительных ударов по коммуникациям противника. Будучи Главнокомандующим партизанским движением, маршал К. Е. Ворошилов по существу превратился в Главнокомандующего партизанскими силами, так как, будучи членом Политбюро ЦК ВКП(б), мог быстро осуществить согласование действий партизанских формирований, не только руководимых штабами партизанского движения, но отрядами и группами, руководимыми НКВД, ГРУ. После ликвидации поста Главнокомандующего партизанским движением начальник ЦШПД, по сути, остался только с партизанскими формированиями, руководимыми штабами партизанского движения. И это приводило к тому, что на одном направлении иногда в одну ночь проводилось до десятка диверсий, но перерыв движения на участке вызывала только одна диверсия, ликвидация последствий которой была наиболее длительной. Остальные диверсии на пропускную способность участков влияли мало или даже вовсе не влияли и только приводили к расходу сил и средств на ликвидацию последствий диверсий.