5 июля 1811 года под давлением молодых радикалов, возглавляемых Боливаром, национальное правительство Венесуэлы объявило о независимости страны.
Вновь образованное государство тотчас охватили хаос и конфронтация. Горячие споры разразились по поводу государственного устройства независимой Венесуэлы: каким оно должно быть — федеральным или централизованным? Федеральное устройство предполагало автономию множества разбросанных по стране городов и сельских общин. Централизованное — единое государство с центром в Каракасе.
Миранда, выступая в правительстве, поддерживал идею централизованного государства. Боливар защищал ее в своем «Патриотическом обществе…». Оба они подверглись серьезным нападкам многих противников. Миранду обвиняли в служении интересам Британии (ведь должен же он был чем-то отплатить англичанам за то, что они поддерживали его в ссылке). Боливара же называли столичным централистом. В декабре новая конституция Венесуэлы утвердила право каждого города на самоуправление. Идеи Миранды и Боливара потерпели поражение.
Но значительно более серьезная угроза для нового правительства исходила от восставших в Валенсии — втором по значению городе Венесуэлы — местных испанцев. Они сумели привлечь на свою сторону «чернокожих последователей» и объявили себя подданными испанского короля Фердинанда VII. Контрреволюция набирала силу. Для подавления восстания в Валенсии из Каракаса были посланы войска. Валенсийская армия разбила их. Весть о поражении правительственных войск посеяла панику среди членов хунты. Миранда оказался единственным знающим и опытным генералом среди сторонников независимости. Его назначили генералиссимусом и послали на усмирение восставшей Валенсии, которая находилась в восьмидесяти милях от Каракаса.
Испытывая противоречивые чувства — от пессимизма до тщеславной уверенности, Миранда собрал армию из четырех тысяч крестьян. Они были плохо обучены, плохо вооружены и маршировали не в ногу. Увидев это, Миранда презрительно спросил одного из своих помощников: где же армия, достойная его генеральского звания, «которую можно повести в бой, не боясь скомпрометировать свое доброе имя»?
А вскоре произошло и вовсе неожиданное — Миранда резко изменил свое отношение к Боливару. Именно Боливар хотел служить Миранде, именно он заставил его вернуться на родину, где тот стал ведущей революционной фигурой. И вдруг Миранда называет Боливара «опасным, неконтролируемым юнцом». Тот, узнав об этом, пришел в бешенство и, в свою очередь, обозвал бывшего кумира «истаскавшимся старым воякой, не знающим ни венесуэльского народа, ни венесуэльского общества, претенциозным человеком с гипертрофированным тщеславием». «Ох уж эти юнцы! Он называет меня так, потому что я осмелился противоречить его неправильной политике!» — гневался Миранда.