Но эвакуация крайне затруднялась господством националистов на море и в воздухе. Корабли адмирала Виерны перешли к ближней блокаде и захватили часть пароходов с беженцами у самого устья Нервиона. Англия же с выходом националистов к Не-рвиону «временно» отозвала из Бискайского залива свой морской патруль, потому как «зона военных действий стала слишком плотной».
Коммунисты – Горев, Галан, Кристобаль и Сиутат, требуя на секретных совещаниях у Агирре отстаивать город, ссылались на свежий пример Мадрида. Они словно не хотели замечать, что Бильбао взят в тесное полукольцо, Мадрид же в ноябре 1936 года сохранял сообщение с остальной страной. Сторонники сопротивления сверх того напоминали, что на позициях, занятых республиканцами 17 июня, Бильбао выдержал в ХIХ веке две осады. Однако тогда не существовало дальнобойной артиллерии и воздушных налетов…
Генералы Улибарри и Кабрера на подобных совещаниях угрюмо отмалчивались. Командир баскской артиллерии открыто предложил оставить Бильбао. Агирре согласился с мнением сторонников отстаивания города любой ценой. Но формальное согласие скользкого как угорь президента-предпринимателя мало что значило. Он саботировал оборону, а не укреплял ее.
Обессиленные боями и отступившие в «Синтурон» баскские батальоны чувствовали себя там не в укреплении, а в ловушке. Часть дружинников дезертировала, чего не случалось ранее. В прежние времена баски хладнокровно сражались и гибли. Теперь многие из них с таким же хладнокровием отказывались от продолжения борьбы, которая казалась им безнадежной.
19 июня националисты и итальянцы последовательным нажимом с востока и севера проникли в Бильбао. Повторения «мадридского чуда» не последовало. Часть жителей приветствовала победителей. На балконах многих домов развевались монархические флаги. 20 июня город был занят почти без боя. Остатки республиканских бригад отступали под прикрытием бронемашин. Автономия басков была отменена указом каудильо, а Бискайя объявлена «предательской провинцией».
Националисты Алонсо Веги и Гарсиа Валино продвинулись до западной, самой укрепленной половины Железного пояса и там перешли к обороне. Преследование противника, на котором настаивал Кинделан, было запрещено осторожным и расчетливым каудильо.
Потери обеих сторон были значительными: за три месяца националисты лишились почти 30 000 раненых и убитых, урон республиканцев составил свыше 50 000 человек (не считая потерь среди мирного населения). При отходе из Бильбао погиб доблестный полевой командир республиканцев – герой Гвадалахарской битвы итальянец Нино Нинетти.