Именно Железный Феликс и рекомендовал Берзина на руководящую работу в Разведуправление Красной Армии. С декабря 1921 года — заместитель начальника этого высшего штаба военной разведки. В 1922 г. под фамилией Дворецкого побывал Берзин впервые в Берлине, Праге, Варшаве. 5 марта 1924 года партия и командование Красной Армии назначили его на пост начальника Разведупра. Он был нашим разведчиком номер один, организатором и строителем советской военной разведки. Долгие годы шел Старик в головном дозоре Красной Армии.
Но Советская республика находилась в огненном кольце фронтов. Враги наседали. Они подходили все ближе к столице Советской Латвии. 22 мая 1919 года Красная Армия оставила Ригу... В город снова вернулись бароны, помещики, националисты, поддержанные германскими войсками. Началась дикая расправа. Погибли тысячи патриотов. Бывший замнаркомвнудела и член Рижского городского комитета партии немедленно взял винтовку, встал в ряды рижского рабочего батальона, где многие знали Берзина по старому партийному псевдониму Папус.
Через месяц Берзина назначили начальником штаба батальона. В боях с белогвардейцами он вновь пролил кровь за революцию, получив серьезное ранение. Снова лазарет. Ту казачью пулю и в этот раз не вынули из черепа — не вынули и позже.
Едва залечил раны — приказом по армии утвердили на должность начальника политотдела Петроградской дивизии. Эта дивизия отбивала отчаянные атаки белогвардейцев, героически контратаковала их, задержала опасное продвижение врага к Петрограду. В решающих боях особо отличился начальник политотдела, и уже в августе Берзин занимает важный и ответственный пост начальника Особого отдела ВЧК XV армии. С этой армией под руководством командующего фронтом M. H. Тухачевского дошел он, сражаясь против белополяков, до ворот Варшавы, а потом выполнял задание самого Феликса Дзержинского по эвакуации наших войск из Белостока.
В начале декабря 1920 года начальник Особого отдела XV армии получил телеграмму-молнию от своего начальника — председателя ВЧК Феликса Эдмундовича Дзержинского. Ян Берзин откомандировывался в распоряжение Региструправления.
Что такое « Региструпр», Берзин уже знал — так называлось первое в истории молодой Красной Армии разведывательное управление.
Не случайным, а глубоко закономерным и символичным следует считать тот факт, что чекист Берзин был направлен на руководящую работу в военную разведку. Куя меч и щит революции, председатель ВЧК заботился о том, чтобы у этого непобедимого меча было обоюдоострое лезвие. Армия нового типа не могла существовать без разведки нового типа. А Берзина Ф. Э. Дзержинский отлично знал, знал, что может положиться на него в самом важном деле. Начальнику Особого отдела ВЧК XVармии не раз приходилось выполнять его поручения.