Игра Тугута была разоблачена, а новые поражения австрийцев заставили их вскоре согласиться на тяжелые условия, предписанные Бонапартом. Но это случилось уже через несколько лет после ликвидации организации Ландре.
Наполеон с некоторого времени перестал доверять Ландре, бывшему до того его самым близким и высокоценимым сотрудником. Честолюбивый начальник «Секретного бюро» имел собственные планы, не всегда совпадавшие с целями Наполеона.
Во время ареста д'Антрега (о чем речь шла выше) произошел открытый разрыв. Наполеон обвинил Ландре в том, что он подозрительно долго держал у себя портфель д'Антрега, и в гневе приказал посадить начальника «Секретного бюро» под арест на 15 суток. Этот отданный сгоряча приказ был вскоре отменен, но отношения обострились до предела. Ландре был вынужден подать в отставку и уехать во Францию. В годы правления Наполеона ему угрожающе посоветовали держать язык за зубами. Император запретил использовать его на любом государственном посту.
После возвращения из Италии во Францию победоносный генерал Бонапарт был направлен Директорией во главе большой армии на завоевание Египта. По пути в Египет эскадра, перевозившая французскую армию, с ходу захватила остров Мальту. Этот имевший большое стратегическое значение остров принадлежал ордену мальтийских рыцарей. О его длительной осаде нечего было и думать, так как за французской эскадрой охотился более сильный английский флот под командованием адмирала Нельсона. Почему же так быстро удалось занять Мальту?
Примерно за год до этого один французский дипломат, сотрудник посольства в Генуе, некий Пуссиельг, был по предложению Наполеона направлен на Мальту. Опытный француз быстро сговорился с наиболее влиятельными членами ордена, и, когда в начале июня 1798 г. флот Наполеона подошел к Мальте, превращенной в сильную крепость, она была без боя сдана французам. Победители, со своей стороны, выплатили щедрую компенсацию рыцарям, проявившим незаурядные коммерческие способности в продаже острова.
Во время египетской экспедиции Наполеон не смог создать разведывательную службу, которая могла бы соперничать по эффективности с «Секретным бюро» Ландре. Все же французской разведке удалось подкупить одного из вождей египетских мамлюков — Мурад-бея.
После своего возвращения во Францию и переворота 18 брюмера, поставившего его у власти в качестве первого консула, Наполеон как одним из первоочередных дел занялся созданием своей разведки, точнее — нескольких разведывательных организаций сразу. Разведывательные и контрразведывательные обязанности были возложены на министерство полиции, возглавляемое Фуше, на бюро независимого от него префекта парижской полиции Дюбуа, на персональных агентов первого консула, создававших свои особые организации (в их число входили такие видные военные, как Дюрок, Даву, Ланн, Жюно, Савари — будущие маршалы и министры наполеоновской империи. Этой личной разведкой Наполеон управлял через своего секретаря Бурьена.