Шульмейстер выполнял еще целый ряд разведывательных поручений Наполеона (даже побывал в Англии), но они не имели большого значения. В последние годы правления Наполеона дальнейшей карьере разведчика помешали интриги второй жены императора австрийской принцессы Марии-Луизы и ее окружения, ненавидевших Шульмейстера за его роль в разгроме Австрии в 1805 г.
После первой Реставрации (1814—1815 гг.) полиция Бурбонов тщетно искала Шульмейстера в Париже и других местах. Во время Ста дней — нового правления Бонапарта — австрийские власти опасались, что бывший главный шпион корсиканца находится в Вене и пытается похитить сына Наполеона, который как внук австрийского императора воспитывался при его дворе. На деле Шульмейстер находился в это время в Париже, но, по-видимому, предпочел не поступать снова на императорскую службу, не очень высоко расценивая шансы Наполеона удержаться в борьбе против мощной коалиции держав. После битвы при Ватерлоо австрийская и прусская полиции снова занялись розыском Шульмейстера в оккупированной французской столице — и снова тщетно. А Шульмейстер вел переговоры с австрийским полицейским комиссаром в Париже Лангвертом о намерении снова служить Австрии, которой, по его словам, оказал множество услуг в 1805 г. Кажется, Лангверт даже поддерживал ходатайство Шульмейстера. В августе 1815 г. Шульмейстер был арестован пруссаками и отправлен в крепость Везель. 20 ноября того же года был подписан мирный договор, и Шульмейстер вернулся во Францию. Там он был отдан под суд и приговорен к уплате огромного штрафа, равного трем четвертям его состояния. Оставшуюся часть Шульмейстер потерял в спекуляциях на бирже. Как видно, биржевые волки сумели обойти и этого матерого шпиона.
Он прожил еще почти 40 лет, до 1853 г. В последние годы ему в виде милости разрешили заняться продажей табака в маленькой лавке в Страсбурге, являвшейся государственной монополией.
Не следует представлять себе французскую разведку и контрразведку при Наполеоне как нечто единое и целиком действовавшее в интересах императора. До 1810 г. с коротким перерывом пост министра полиции занимал пресловутый Жозеф Фуше. Этот хамелеон и профессиональный предатель был в то же самое время лучшей полицейской ищейкой, которую мог найти Наполеон.
Фуше понял, что лучше угроз и физических пыток действуют нередко подрыв морального состояния, психологическая пытка, взятие измором попавших в его руки агентов неприятеля. Подручным Фуше удавалось выведывать все нужные сведения под маской дружеского участия и только потом отправлять уже до предела «выжатую» жертву на гильотину.