Что же касается Японии, то, как уже отмечалось, в то время она являлась закрытой для внешнего мира страной (режим изоляции страны был введен в 1639 г. и просуществовал до середины XIX cтолетия), одним из главных элементов которой был запрет на выезд японских граждан из страны, запрет на строительство океанских судов и естественно связанная с этим политика нерасширения японской территории, искуственно консервировавшая Японию в рамках ее средневековых границ. При этом, отдельные контакты жителей самого северного японского княжества Мацумаэ с айнами южных Курил отмечались в XVIII столетии, однако это были именно эпизодические торговые контакты с независимыми от Японии курильцами, которые центральным японским правительством не поощрялись. Не известно ни одного официального японского документа того времени, в котором бы говорилось о том, что южные Курильские острова являются японским владением, да и не могло его быть. Сами японские исследователи признают тот факт, что еще в первой половине XIX столетия территоией Японии не являлась даже северная часть острова Хоккайдо, и японская граница проходила где-то по середине острова.
Японская экспансия на южные Курилы началась намного позже, после создания в 1802 г. в г. Хакодате на Хоккайдо специальной канцелярии по колонизации Курильских островов.
Японская "колонизация" южных Курил сопровождалась сносом русских знаков-крестов (включая и остров Уруп, относящийся к средним Курилам), установленных еще в XVIII столетии в знак принадлежности этих островов России, насильственной высылкой с Итурупа и Кунашира русских промышленников, запрещением айнам торговать и общаться с русскими, и установкой на островах собственных знаков-столбов, чего не могут отрицать японские исследователи (Окамото Рюносукэ, Минакава Синсаку, Нумада Итиро, Куно Еси).
Таким образом, выдвигаемый Японией тезис об изначальной "исторической принадлежности южных Курил только Японии" (т.н. "вопрос о северных территориях"), не соответсвует исторической действительности и прямо противоречит ей: исторический приоритет в освоении и владении южными Курилами, как и всем архипелагом в целом, принадлежит России.
Начатая после 1802 г. постепенная "колонизация" Японией южных Курил и отсутствие у России достаточных сил и средств для закрепления за собой этих территорий (основные усилия были тогда направлены на развитие и обустройство северо-американских владений России, находившихся под управлением РоссийскоАмериканской компании) привели к тому, что к середине прошлого века наша страна оказалась вытесненной с южных островов архипелага.