Следственная комиссия, созданная тогда с целью пролить свет на организацию покушения и замешанных в нем лиц, была поставлена под начало генерала Муравьева, варшавского палача; последний не ограничился только тем, что увеличил число арестованных, но также в соответствии с настроениями нового главы Третьего отделения убеждал императора избавиться от всех «либералов», которые его окружали.
Александр II провел другие важные перестановки среди наиболее приближенных лиц. Требовавшей внимания сферой было образование. Сбор информации, проведенный комиссией, специально созданной после покушении Каракозова, привел к заключению, что вся система университетского образования стала средством распространения революционных идей и что студенты придерживались опасных атеистических и материалистических воззрений; предъявляя требования, они более не относились с почтением к властям и грезили о свержении монархии. Ответственность за то опасное направление, в котором развивалась молодежь, была возложена на научных наставников и систему образования, а следовательно, и на политику в сфере образования, проводившуюся на протяжении ряда последних лет министром Головиным. Свободы, автономия, предоставленные университетам, как не уставали повторять консерваторы, превратили их в рассадник революционных идей. Констатация этого факта, сделанная следственной комиссией, вела к одному-единственному выводу: надлежало вернуть контроль над университетами, пересмотреть всю политику в сфере образования, и для проведения такого грандиозного дела требовался новый исполнитель. Головин был смещен со своего поста, а на его место Александр II назначил обер-прокурора Святейшего Синода, графа Дмитрия Толстого. Сделанный выбор был немаловажен в контексте общего поворота политического курса, поскольку Толстой был известен своим консервативным мировоззрением и оппозиционным отношением ко всем реформаторским начинаниям предшествовавших лет. Он занимал эту должность до 1880 г., и его политика безусловного отрицания всяческих свобод в сфере университетского образования имела своим следствием еще большую радикализацию настроений студентов, а также большой части профессуры.
«Эпоха Толстого» была для университетов и для системы образования в целом одним из наиболее злосчастных эпизодов в русской истории. Одно из самых ужасных деяний Толстого для интеллектуального будущего целого поколения проистекало из его представлений о желательном содержании учебных курсов. Развитию научных знаний, которые превозносились его предшественником, он ставил в вину формирование «материалистического и поверхностного» духа, свойственного молодому поколению. Чтобы это исправить, он в буквальном смысле «очистил» программы гимназических курсов от естественно-научных дисциплин и заменил их преподаванием истории и литературы, которое осуществлялось под строгим административным надзором. Зато упор был сделан на преподавание мертвых языков, грамматики и математики, признанных менее опасными. Преподавателям было приказано осуществлять неусыпный надзор за своими учениками и друг за другом, вплоть до того, чтобы «докладывать» в министерство о «вредных настроениях», которые грозили посеять смуту в коллективе. В университетах были введены аналогичные ограничения и тот же призыв сохранять моральную и политическую бдительность, прибегая к доносам. Студенты, подозреваемые в том, что они разделяют передовые идеи, исключались по результатам экзаменационной сессии. Благодаря деятельности министра Толстого между властью и молодым поколением на многие десятилетия пролегла пропасть. После тех усилий, которые были предприняты в первые годы царствования с целью обновить систему образования и освежить интеллектуальную атмосферу, эта реакционная политика явилась одним из наиболее очевидных и явных провалов царствования Александра II.