Учитывая радикальность настроений Ткачева, неудивительно, что в 1869 г. он сблизился с еще более экстремистки настроенным Нечаевым, чья репутация еще не была подмочена убийством товарища. Нечаев привлекал Ткачева своей одержимостью в области конспирации, что явилось отражением его собственных мыслей о средствах, необходимых для совершения революции. Однако в том же году Ткачев подвергся очередному аресту, был осужден как член организации, возглавляемой Нечаевым, сначала приговорен к тюремному заключению, а затем — к ссылке в Сибирь. В 1873 г., несмотря на строгость полицейского надзора, ему подобно многим другим революционерам удалось бежать за границу.
Однако на протяжении довольно длительно периода — почти пяти лет, проведенных в тюрьме и ссылке, — он имел слабую связь с нараставшим в России революционным движением. В то время как студенческая молодежь готовила себя к «хождению в народ», его оторванная от действительности мысль работала в принципиально ином направлении: он размышлял о создании организации, во главе которой встал он сам и цель которой состояла в успешном проведении революции или, по крайней мере, развернутой подпольной деятельности. Таким образом, он далеко отстоял от идей, популярных тогда в университетской среде, и от настроений, которые толкали молодых энтузиастов в деревню. Этим объясняется то, что влияние Ткачева на ход событий в этот период было незначительно: он не стал властителем дум молодежи. Зато его будущее влияние на развитие революционного движения в начале XX в. определялось самим характером разработанных им идей.
В Швейцарии Ткачев сошелся с Лавровым и начал работать в его журнале «Вперед», но из-за противоположных политических взглядов довольно быстро их отношения испортились. Лавров верил в народ, в необходимость его просвещения. Напротив, Ткачев опубликовал «Задачи революционной пропаганды в России» и убеждал в правомерности своих взглядов Бакунина. Однако последнему Ткачев слишком напоминал Нечаева, несмотря на то, что как личности они не имели ничего общего: Ткачеву не были свойственны ни нечестность, ни мания величия, ни безмерное стремление к власти. Он быстро понял, что его идеи неприемлемы для издателей журнала «Вперед». В 1875 г. он объединился с несколькими эмигрантами русского и польского происхождения и открыл свой собственный журнал «Набат», заявлявший о приверженности различного рода крайним взглядам.
В серии бесчисленных статей, написанных в России и Швейцарии, Ткачев подверг суровой критике теоретические положения и практический опыт народников и анархистов, констатировав их провал и размышляя над тем, какие выводы могут быть из этого сделаны. Он соглашался с народниками в том, что счастье России заключалось в отсутствии буржуазии. В письме, адресованном Энгельсу, он подчеркивал, что в России невозможно совершить революцию, следуя тем положениям, которые развил Маркс. Россия не может ждать, пока в ней утвердится капиталистический строй, ей не нужны ни буржуазия, ни более современные политические институты. Особенность развития России как раз и состояла в замедленном социальном развитии, дающем революционерам шансы на успех.