Сантандер прямо заявлял Боливару, что следует распустить Великую Колумбию, пусть каждая из ее трех частей — Эквадор, Новая Гранада и Венесуэла — станет самостоятельной республикой: «Федерация к добру нас не приведет, у нас ежегодно будут восстания в Кито и Венесуэле. И если мы применим оружие для их подавления, это вызовет нескончаемые войны, которые неизбежно истощат нас… Федерация наших слабых республик приведет к тому, что мы вновь попадем под власть испанцев».
Боливар, однако, упорно верил, что ему удастся убедить как своих ближайших сподвижников, так и руководителей других республик в необходимости объединения. Еще в 1823 году он предложил созвать конгресс всех латиноамериканских республик в Панаме. Освободитель надеялся, что конгресс одобрит его план создания конфедерации. Боливар считал, что объединение новых республик не только укрепит их независимость, но и будет способствовать решению многих внутренних и межгосударственных политических и экономических проблем, унаследованных от колониального режима.
Направляя тогда своих представителей к руководителям других республик, Боливар разъяснял им: «В настоящий момент нет ничего важнее для правительства Колумбии, чем учреждение подлинно американской лиги наций. Предлагаемая конференция не должна вдохновляться исключительно идеей обычного союза в целях обороны или возмездия. Напротив, наше объединение должно быть более тесно скреплено, чем союз, созданный недавно европейскими державами в их попытке лишить народы свободы. Наше объединение должно быть лигой родственных наций. Хотя до сего времени по ряду причин каждая из них осуществляла право суверенитета индивидуально, если они объединятся и объединят силы и ресурсы, они смогут противостоять чужеземной агрессии.
Вы должны убедить их в том, насколько необходимо немедленно начать закладку фундамента союза соседствующих государств или ассамблеи полномочных представителей, способной отстаивать интересы американских государств и быть посредником в спорах между государствами, которые, хотя они и связаны общностью обычаев и деятельности, могут из-за отсутствия соответствующего института дать разразиться достойным сожаления конфликтам, подобным тем, которые возникли в других районах, находящихся в менее благоприятных условиях».
Тогда это предложение не встретило поддержки: слишком неустойчивым было политическое положение во многих республиках. Теперь же, после победы у Аякучо, Боливар вновь вернулся к своему прежнему проекту.
Сантандер и на этот раз выступил против плана Боливара. Он убеждал Освободителя, что Англия обеспокоена созывом континентального конгресса. Вопреки указаниям Боливара вице-президент Колумбии пригласил на панамский конгресс представителя США. Сантандер писал Боливару, что с окончанием войны он считает главной задачей добиться мира с Испанией и дипломатического признания со стороны великих держав, а этого будет якобы легче достигнуть, действуя в одиночку, чем коллективно. «У нас огромный дефицит, — писал вице-президент. — Мы расходуем ежегодно от 16 до 18 миллионов песо, а в казну поступает не больше 8 миллионов. Единственный выход из этого положения — сократить расходы на армию и отказаться от военного флота».