Хотя точная дата распространения монашества на Афоне неизвестна, думается, что первые отшельники поселялись здесь еще задолго до VII века, когда встречаются первые упоминания в летописных источниках о пришествии на Святую Гору аскетов Востока и Египта, преследуемых арабами.
Официально Афон провозглашается местом монашества в 885 году Золотой Буллой императора Василия I.
Основателем же общежительного монашества на Афоне считается святой Афанасий из Трапезунда, который с помощью императора Никифора Фока (963 - 969 гг. н.э.) основал монастырь Великой Лавры (962 -63 гг.) – первый монастырь, появившийся на Афоне.
Через несколько лет, в 972 году был издан первый Устав, по которому регулировались организация и управление делами на Святой Горе и который, поскольку был написан на козлиной коже («трагос»), назывался «Трагос». Документ был подписан императором Иоанном Цимиски. По этому уставу Афон был признан независимым монашеским государством.
До 1313 года Афон не имел над собой высшего церковного руководства (епископа) и подчинялся лишь административно византийскому императору. И в таком отступлении от канонов не было ничего зазорного, ибо Святая Гора – удел Божией Матери и Сама Владычица мира была и есть здесь Игумения.
Однако в 1313 году император Андроник Старший издает хрисовул, по которому Афон начинает подчиняться Вселенскому Патриарху; но при этом все же сохранялась власть Прота – всеми уважаемого старца, избираемого на год от всех монастырей.
Позднее, в XVII веке власть Прота была ликвидирована и местное управление на Афоне стало осуществляться Кинотом – коллегией старцев, выбираемых от двадцати монастырей. К тому времени также закрепляется количество и иерархичность монастырей на Святой Горе.
В порядке иерархии монастыри располагаются следующим образом:
1. Великая Лавра
2. Ватопед
3. Иверон
4. Хиландар
5. Дионисиат
6. Кутлумуш
7. Пантократор
8. Ксиропотам
9. Зограф
10. Дохиар
11. Каракал
12. Филофей
13. Симонопетр
14. Св. Павла
15. Ставроникита
16. Ксенофонт
17. Григориат
18. Есфигмен
19. Св. Пантелеимон
20. Кастамонит
Место в иерархической лестнице Афона определяется не богатством и размером монастыря, а его влиятельностью и временем основания.
С 1924 года статус Афона определяет Святую Гору как самоуправляемую часть Греческого государства, действующую под духовным ведомством Вселенского Патриарха и управляемую двадцатью суверенными монастырями, находящимися под наблюдением государственных властей.
Столицей Афона считается небольшое поселение в центре полуострова, которое носит название Карея (Кариес). Здесь расположены подворья и кельи всех монастырей за исключением монастыря Кутлумуш, находящегося в непосредственной близости.