В 1839 году он был назначен настоятелем Малоярославецкого Черноостровского монастыря, духовная жизнь в котором оставляла желать лучшего. Отец Антоний так страдал душой, так переживал предстоящую разлуку с любимым Оптинским скитом, что в этом состоянии он сподобился видеть небесное явление: ему явился святитель Митрофан Воронежский с сонмом великих святых и сказал ему:
"Отец Антоний! Ты жил в раю, знаешь его, а теперь иди трудись, молись, не ленись".
Своему брату, саровскому игумену Исаии, в бытность свою настоятелем Малоярославецкого монастыря преподобный Антоний так описывал удручающую обстановку этой обители:
"…Может быть, вам уже известно, что я ради многих и тяжких грехов своих из скита сослан на поселение — при граде Малом Ярославце — в Черно-Острожский штатный монастырь, в коем с 6 декабря и водворяюсь доныне; но не подумайте, батюшка, чтоб новое место и новое звание изменило меня в Духе к вам, ей, нет! Я все тот же нерадивый грешник, что и прежде; а честь игуменская не на дыбки меня подымает, но к земле главу мою склоняет. Я великий сан сей с такою радостию принял — как бы кто честолюбивый лишаем был оного; ибо во всю мою жизнь никогда столь горько не плакал, как при разлуке со святым моим отцом и благодетелем, с которым 24 года пребывал вкупе. О теперешнем же моем новоселье то же могу сказать, что древле святый Давид о израильтянах, находившихся в плену у вавилонян, сказал: Тамо седохом и плакахом [Пс. 136, 1]! Вот и я почти ежедневно болезную сердцем моим при воспоминании о первом моем жительстве, а взирая на настоящее, редко остаюсь без слез… И когда нечувственное дерево при пересадке с одного места на другое болит часто, а иногда и засыхает, то возможно ли человеку с чувствительным сердцем быть нечувствительну? Для ведения вашего донесу вам, всепочтеннейший батюшка: врученный мне монастырь есть штатный, в полном смысле сего имени, при самом городе (без промежутку) на большой почтовой Московской дороге. Келлии настоятельские, мною занимаемые, — окошками на оную в расстоянии 10 или не более 15 сажен, так что всякий идущий и едущий виден, и разговор ямщиков пьяных слышен, так что и очи и уши мои наполняются всякою нечистотою. Братии 20 человек, на коих в течение года покупалось по две бочки сивухи, а пиво варивали сами (и сие не ложно); чин церковной службы отправлялся поскору, и ради облегчения поочередно, например, если кто сего дни был у утрени, то после того пять дней почивал, а в день седмый схаживались на славословие вкупе; настоятель — предместник мой, в монастыре и третьей части года не проживал, а когда и бывал, то более упражнялся внешними занятиями около монастыря, а посему братия жила по подобию всегда празднующих!