Изредка преподобный Антоний ездил в Москву по монастырским делам, где удостаивался архипастырского благословения и внимания митрополита Филарета. Видя раз за разом ухудшающееся здоровье малоярославецкого настоятеля, святитель решился ходатайствовать перед Калужским архиереем об увольнении его от непосильного послушания. И по ходатайству святителя преподобный был уволен на покой и вернулся в любимый Оптинский скит.
Но многовожделенный покой отца Антония был многотрудным, многоболезненным, а в духовном отношении многоплодным. Ибо не ради покоя воздыхал он столько лет об освобождении его от настоятельских забот, а потому, что они не соответствовали ни душевному его расположению, ни телесным его силам. Именно поэтому в строгом подвиге преподобный старец Антоний стал проводить свое новое жительство, отчего усилилась болезнь в ногах до крайности — они до колен были покрыты ранами и порой истекали кровью. Многие, видя всегда светлое его лицо и слыша его оживленную беседу, не понимали, какого страдальца видят пред собою. Однажды во время всенощного бдения обе его ноги так кровоточили, что новые кожаные сапоги насквозь промокли, как будто старец по колено стоял в воде. После этого раны закрылись, а болезненное состояние только усилилось. Спустя некоторое время после этого случая келейник нашел отца Антония в его келлии лежащим без памяти на полу в крови: вследствие закрытия ран с ним случился сильный обморок, и, падая, он разбил себе обе больные ноги. Не станем описывать всех переходов болезни, но вкратце скажем, что продолжалась она до самой кончины преподобного, то есть около 30 лет. Ежедневно днем и ночью старец испытывал невыразимую боль в ногах, как будто кто их в одно и то же время и ножами резал, и жег огнем, и драл жесткой щеткой, и вместе с тем колол иглами. Даже посмотреть на них нельзя было без содрогания: больные ноги были тверды, как дерево, и скорее походили на прямые круглые бревна шириной в диаметре до 5 вершков, темно-красного цвета, постоянно рделись. Из ран глубиной до самой кости сочилась всегда сукровица. Доктор говорил, что, перевязывая ноги отца Антония, он видел в ранах червей длиною с полвершка. Медицинские средства почти не помогали, а часто наносили еще больший вред и усиливали болезнь.
Известна история с одним иноком, привыкшим просыпать утреню. Преподобный Антоний убеждал его исправиться, но тот ссылался на нездоровье. Тогда старец сам пошел на утреню, несмотря на то что по болезни ног вообще не мог стоять. После утрени он пришел в келлию к тому брату и упал ему в ноги, плача и умоляя пощадить его, немощного, и впредь самому посещать богослужение. А из сапог его лились лужи крови. Так и спас преподобный немощного собрата.