Михаил отличался тихостью и кротостью нрава, молчаливостью; он даже не участвовал в детских играх своих братьев и сверстников. Когда отроку было 8 лет, скончалась его горячо любимая мать. Семейство вернулось в свое имение в город Карачев Орловской губернии, где Михаил поступил в приходское училище и окончил его, а с 1801 года занимался с домашним учителем. В 14 лет Михаил и его два брата поступили на должности бухгалтера и помощников в Льговское уездное казначейство: "Три нас малолетка, — вспоминал позже двоюродный брат будущего старца, — управляли канцеляриею казначейства с особенною исправностию". В 1805 году Михаил был вызван в Курск, где занял предложенную ему должность начальника стола счетной экспедиции в Казенной палате, где и трудился три года.
В 1806 году умер отец семейства, и Михаил по просьбе братьев вышел в отставку с чином губернского секретаря, занявшись управлением имением, а в сущности, уединившись от житейских дел и предавшись своим любимым занятиям: музыке и чтению. Имением он управлял, несмотря на свои способности, плохо, так что в короткое время оно чуть было не разорилось. Однажды мужики украли у него большое количество гречихи. Он призвал их к себе и долго уговаривал, вразумляя словами из Священного Писания. Мужики втихомолку смеялись над ним, но, к их общему удивлению и стыду, эти увещания кончились тем, что виновные пали на колени, чистосердечно признались, как было дело, и были прощены.
Не раз братья уговаривали Михаила жениться, но, уклонившись от их предложений, в 1810 году Михаил поехал на богомолье в Площанскую пустынь, где и остался.
Слабость здоровья проявлялась в нем с самого малолетства: он был очень худощав и с юных лет страдал бессонницей. Многие знакомые, по скромности и стыдливости Михаила Николаевича, называли его в шутку "монахом" еще до поступления его в монастырь.
В том же 1810 году послушник Михаил был пострижен в рясофор с именем Мелхиседек. Первые шесть лет жизни в Площанской пустыни он находился в послушании у духовника обители отца Ионы. Отец Мелхиседек легко обучился нотному пению и церковному уставу. В ближайших окрестностях Площанской пустыни, Свенском монастыре и в пустыни Белобережской, в те времена жительствовало множество великих подвижников — учеников преподобного старца Паисия (Величковского), мужей духовных и мудрых. Среди них были известные старцы Василий (Кишкин), иеросхимонах Клеопа и схимонах Феодор, иеромонах Леонид, схимонах Афанасий (Захаров) и другой схимонах Афанасий. Чем больше отец Мелхиседек преуспевал в духовном делании, тем больше ощущал он потребность в духовно-опытном старце-руководителе, коим и стал для него вышеупомянутый схимонах Афанасий (Захаров), который в 1815 году перешел на жительство в Площанскую пустынь и окормлял ревностного молодого подвижника вплоть до своей кончины.