В 1862 году послушник Алексей Зерцалов был пострижен в мантию с именем Анатолий. В 1866 году он был посвящен в сан иеродиакона. В 1870 году рукоположен в сан иеромонаха, а уже в следующем году был назначен настоятелем Спасо-Орловского монастыря с возведением в сан архимандрита. Но любовь к родной Оптиной и старцу Амвросию заставила его отказаться от почетного назначения.
Со временем преподобный Амвросий стал посылать отца Анатолия в гостиницу для паломников утешать скорбящих, а когда счел его вполне созревшим для наставления других, то стал постепенно вводить его в старческий труд, готовя себе ближайшего сотрудника и помощника.
Преподобные старцы, оказывая особенную любовь и заботу об отце Анатолии, вели его суровой тропой иноческого подвига, и много пришлось ему перенести скорбей и тягостей пустынного жития. Старцы же не отнимали от него этих скорбей, а напротив, обогащали ими с благой целью создать в нем доброе иноческое устроение и закалить его дух в терпении.
Так, однажды в Оптину пустынь приехал Преосвященный Игнатий (Брянчанинов) и пожелал видеть и беседовать с тем из иноков, который опытно проходит святоотеческое учение об умной молитве. Ему указали на отца Анатолия, бывшего в то время иеродиаконом. Епископ дважды посылал за ним, но смиренный инок не спешил на зов. Наконец Преосвященный, встретившись с отцом Анатолием, заметил ему, что он удивлен тем, что в Оптиной есть такие гордые монахи. Тогда отец Анатолий спросил у старца, который сейчас же велел ему идти.
Преосвященный принял его очень ласково, и они долго беседовали о разных духовных предметах. Прощаясь, Преосвященный сказал ему, что очень рад встретить такого образованного инока: и знакомого со светскими науками, и опытного в предметах духовных.
Возвращаясь от Преосвященного, отец Анатолий встретил своего старца, шедшего из скита и окруженного толпой инокинь и других лиц. Старец спросил отца Анатолия: "Ну, что же тебе сказал владыка?". Отец Анатолий в простоте души все передал старцу. Тогда он начал при всех бить его палкой, говоря: "Ах ты, негодяй, что вообразил о себе, что он такой умный! Ведь Преосвященный из любезности сказал тебе так, а ты и уши развесил, думая, что это правда!". Со стыдом отошел от старца молодой иеродиакон, а старец сказал бывшим с ним лицам: "Ведь вот как не пробрать, он монах внимательный, умный, образованный и уважаемый людьми, — долго ли загордиться? Вот и надо было смирить его". Так мудрые наставники оберегали своих питомцев от пагубного самомнения.
В 1874 году отец Анатолий был назначен братским духовником, благочинным скита, а затем и скитоначальником. Он принял свое назначение со смирением единственно из послушания своему старцу, к которому по-прежнему продолжал относиться с верой и покорностью; сделавшись начальником, он до конца жизни отца Амвросия не изменял своего обычая становиться перед ним на колени во время беседы. Одна особа приехала в Оптину; ее позвали к старцу. Когда она вошла в его келлию, то увидела стоявшего на коленях перед ним весьма представительного монаха, которого она не знала. Благословив приезжую и указав на монаха, старец сказал: "Рекомендую тебе, это — мой начальник". Особа эта была поражена смирением того и другого.