Будущий великий Оптинский старец рос в обстановке любви, послушания родителям, в твердом соблюдении церковного устава и нравственной строгости. Мысль об уходе в монастырь долгие годы вызревала в душе благочестивого юноши, вынужденного помогать отцу в торговых делах. Когда Ивану исполнилось 36 лет, она окончательно окрепла. Этому способствовало также поступление в монашество его старшего брата Михаила [25].
Посещая своего родного брата, подвизавшегося в Оптиной пустыни, Иван имел возможность близко познакомиться со старцем Львом, который предсказал ему, что со временем он станет монахом. Иван Антимонов состоял в переписке со старцем Макарием. Этим старцам он и отдался в послушание, порвав все связи с миром и поступив в святую обитель в 1847 году.
Долго не мог прийти в себя его отец, лишившийся своей главной опоры в жизни, проливая слезы о любимом сыне, и наконец он воскликнул: "Он, варвар, убил меня!". Впрочем, через некоторое время, по благословению старца, Иван ездил в Курск и вполне примирился со своим отцом, а позже, будучи уже иеромонахом Исаакием, келейно постриг его в мантию незадолго до его кончины. Старший брат Ивана, Михаил, в это время уже иеромонах Мелетий, был переведен в Тихонову пустынь. Скончался и преподобный Лев, так полюбившийся Ивану во время его первых посещений Оптиной. Иван поселился в скит и предал свою волю в послушание преподобному старцу Макарию. Уже тогда простота характера Ивана Ивановича обратила особенное на него внимание старца, который, по благодатной прозорливости провидя в нем будущего настоятеля, неоднократно высказывал об этом близким к себе лицам, стараясь в то же время обучать его смирению и терпению, дабы таким образом подготовить в нем для обители истинного пастыря. Так, однажды, когда Иван неосторожно отозвался о порядках скита, старец велел своему келейнику вывести его и потом несколько дней его не принимал. Впрочем, Иван всегда достойно переносил подобные испытания и радовал своего мудрого руководителя беспрекословным послушанием и смирением.
Непрестанное откровение помыслов старцу помогало молодому послушнику низлагать хитрости врага. Однажды, проходя клиросное послушание и боримый помыслом тщеславия о своем приятном голосе, он поспешил исповедать его старцу, но последний смирил его указанием на пример быка, который, обладая гораздо более громким басом, не гордится им.
Сначала Иван проходил послушание на пасеке, затем в хлебопекарне и поваром в монастырской трапезной, пел на клиросе. По благословению старца Макария брат Иоанн был еще и переплетчиком книг. Обладая хорошим здоровьем, он никогда не отказывался и от общих братских послушаний. Сыновнее расположение Иван питал также к скитскому игумену Варлааму, отличавшемуся высокоподвижнической жизнью, делателю умной молитвы Иисусовой.