Так началась для Иоанна новая жизнь, полная трудностей и в то же время радостей. Он принес в маленькую семью апостолов свой пылкий темперамент, свою непримиримость и восторженность. Несколько раз его страстная натура проявлялась в неуместных замечаниях и необдуманных словах: то он запрещал лицам, не входившим в число апостолов, исцелять именем Иисуса, то хотел бы в подражание Илии пророку истребить огнем с неба негостеприимных самарян… Спаситель, тем не менее, любил этого порывистого юношу, зная, что у него чистое и верное сердце, и называл его и его брата «сынами грома» (Мк 3.17; Лк 9.54). Петр и сыновья Зеведеевы составляли как бы круг самых близких к Спасителю учеников. Они присутствовали при самых замечательных событиях Его жизни: лишь их Он взял с Собой на высокую гору, где Он преобразился и беседовал с Моисеем и Илией; лишь они переступили порог комнаты, где лежала умершая дочь Иаира; с ними удалился Он в глубину Гефсиманского сада в скорбную ночь предательства.
Как и все апостолы, Иоанн и Иаков долго не понимали подлинного смысла служения Господа Иисуса. «Не знаете, какого вы духа, — говорил Он им, — ибо Сын Человеческий пришел не губить души человеческие, а спасать». Но они до последней минуты не хотели расставаться со своими честолюбивыми мечтами. Даже тогда, когда Господь приближался к Иерусалиму и вместе с тем к концу Своей земной жизни, даже после Его слов о близкой муке и смерти они надеялись, что Учитель вступит в град Давида как завоеватель, как будущий царь, поднимающий знамя восстания! Иоанн и Иаков уже делили между собой место «у царского трона» и вместе со своей матерью Саломией просили Иисуса посадить их по правую и по левую руку от Себя, когда Он будет царствовать «в славе». Братьям и матери их Саломии Иисус Христос ответил: «Не знаете, что просите. Можете ли пить чашу, которую Я буду пить, или креститься крещением, которым Я крещусь?» «Можем», — отвечали простодушные рыбаки. Господь взглянул на них и, провидя будущее, сказал: «Чашу Мою будете пить и крещением, которым Я крещусь, будете креститься, но дать сесть у Меня по правую и по левую сторону не от Меня зависит, но кому уготовано Отцом Моим» (Мф 20; Мк 10). А когда другие ученики зароптали, Иисус Христос преподал им всем великое наставление, сказав, что тот, кто хочет быть среди них первым, должен быть для всех слугой.
На всю жизнь неизгладимо запечатлелись в памяти Иоанна картины последних дней Учителя: торжественный въезд в Иерусалим при радостных криках толпы; греки, которые пришли, чтобы увидеть Иисуса; последние беседы Господа, Его прощальные наставления ученикам. Во время Тайной Вечери юноша склонился к груди Иисуса, полный неизъяснимого чувства любви и благоговения. Быть может, эти минуты, когда он приник к сердцу Богочеловека, были для него самыми блаженными во всей его жизни.