Отделение церкви от государства и школы от церкви вызвало отрицательную реакцию духовенства. Она усиливалась по мере развертывания при Республике развязной и крикливой антирелигиозной пропаганды, поощряемой вождями республиканцев, преклонявшимися перед светской Французской Республикой. Их кумирами были одиозные среди верующих личности: Вольтер, Мирабо, Дантон, Клемансо.
Пример показывал закоренелый враг католической иерархии, премьер-министр Асанья. В кортесах и на митингах он твердил, что решительных мер против религии и церкви требует «общественное здоровье». На местном уровне развернулись массовые антицерковные бесчинства. Тон в них обычно задавали анархисты, но от них мало отставали каталонские националисты, социалисты и коммунисты.
Погромы и поджоги храмов и монастырей, их осквернение, сожжение икон, оскорбления верующих и духовенства, изнасилование монахинь («превращение в невест революции») имели место и при монархии. Однако в то время бесчинства быстро и жестоко пресекались силами правопорядка. Теперь же власти большей частью бездействовали, потворствуя безбожникам. Полиция и пожарные команды откровенно медлили с выездом к пылающим храмам.
Духовенство и большая часть верующих масс, особенно в глубинке, в короткий срок превратились во врагов Республики. Верующие все чаще слушали рассуждения приходских священников о захвате власти «сатанинскими силами».
Правители Республики не могли да и не хотели налаживать сотрудничество с влиятельными военными кругами. Такая возможность была, когда бывший король из эмиграции — и это делало ему честь — призвал военных к верности новому строю. Почти все офицеры тогда присягнули Республике. Но Республика заняла столь решительную антимилитаристскую позицию, что ее можно было истолковать как антипатриотическую и антиармейскую. Правительство снизило военные расходы, урезало военные пенсии, аннулировало служебные преимущества «африканистов», уволило со службы часть престарелых офицеров. Оно запретило богослужения в армии и закрыло созданную при Альфонсе XIII единственную в стране Сарагосскую военную академию. Высвободившиеся (не особенно большие) средства Республика направила на нужды образования и социальной помощи.
Многие из предпринятых мер были необходимыми и назревшими. Но их претворяли в жизнь безо всяких предварительных объяснений, в спешке. Многие испанские военные поэтому увидели в политике нового правительства сознательное и незаслуженное оскорбление вооруженных сил. К тому же почти все офицеры были дворянского происхождения, и их вместе с грандами страшила грядущая земельная реформа. Солдат же, выходцев из глубинки, раздражала антирелигиозная политика новой власти.