В феврале 1936 года члены Союза — генералы Годед и Франко тайно пытались сорвать передачу власти кабинету Народного фронта. Слухи об их намерениях проникли в печать, и левые партии потребовали суда над заговорщиками. Асанья и Кирога не стали провоцировать нового скандала и без суда отправили генералов с понижением в почетную ссылку на окраины государства. Годеда военное министерство перевело на Балеарские острова (900 км от Мадрида), а Франко — на еще более отдаленные Канары (2000 км от Мадрида). Еще одного деятеля Союза — генерала Эмилио Молу направили из столицы в Наварру, группу ненадежных офицеров — в Марокко. Мадридское командование и военное министерство пополнили военными, чья верность Республике не вызывала сомнений. Заместителем военного министра назначили безбожника и к тому же приятеля Асаньи — полковника Эрнандеса Сарабию, командующим расквартированной в столице 1-й дивизией — тоже безбожника генерала Хосе Миаху.
С апреля 1936 года Союз серьезно занялся подпольной работой. Отныне офицерство взяло курс на государственный переворот и отстранение штатских от власти. Душой Союза стал генерал Мола. Дальновидный военный с богатым служебным опытом, он побывал ранее и на марокканском фронте, и в кресле министра внутренних дел, пробовал силы в военной теории. В небольшой аналитической книге «Опыты» (1932) Мола настаивал на замене неоднородной и слабо вооруженной испанской армии менее многочисленными, но обильно оснащенными новой техникой и тщательно обученными войсками, построенными на контрактной основе. Он выдвинул подобные идеи раньше немца Гудериана и француза де Голля.
Эмилио Мола стал главным координатором подготовки военного мятежа. Этот человек, с неброской внешностью, в очках с дешевой оправой, с постоянной усталостью на лице, скорее похожий не на военного, а на школьного учителя или бухгалтера, провел массу телефонных и телеграфных переговоров со всеми военными округами страны, с офицерством каждого корпуса и каждой дивизии. Он разослал участвовавшим в заговоре генералам, полковникам и майорам ясные и исчерпывающие предписания, что, кому и когда предпринимать. Мола достиг понимания с офицерами флота. Он встречался с вождями монархического движения Кастилии и Наварры, добиваясь единства действий. Соратники с уважением именовали Молу «Директором». Главным его уполномоченным был неутомимый андалузец полковник Варела.
Как рассчитывал Мола, военный мятеж по условному сигналу должен был начаться сразу во всех концах страны от Пиренеев до Марокко. Выступление намечалось на 17 часов 17 июля. Основная роль отводилась марокканским войскам и Иностранному легиону, вспомогательная — гражданской гвардии, Фаланге и ополчению наваррских и кастильских монархистов. Флоту надлежало перебросить находившиеся в Марокко войска в саму Испанию. Всем присоединившимся военным заговорщики обещали немедленное повышение в чине на одну ступень и прибавку к пенсии после отставки.