Рассекреченные в постсоветский период архивные фонды позволяют восстановить истинную картину взаимоотношений местных жителей с новой властью[12].
В 1921 году полномочный представитель РСФСР в Бухарской Народной Советской Республике Юренев был вынужден признать, что злоупотребления и насилие, чинимые местными властями по отношению к населению, аналогичны насилию эмирских деспотических правителей.
Один из ответственных работников Среднеазиатского бюро ЦК РКП(б) писал, что местное население крайне озлоблено политикой Советов в регионе. В частности, волну недовольства вызывают массовые расстрелы мирных жителей, а также разрушения и грабежи кишлаков частями Красной армии. «Обыкновенно в поредевшие ряды басмачей вербовалось пострадавшее от военных действий население из разрушенных нами кишлаков, и мы сами являлись поставщиками этого басмачества».
Другой руководитель был уверен, что одна из причин басмаческого движения состоит в том, что политика террора не носит так называемого «адресного характера», то есть, говоря простым языком, направлена не только против крупных руководителей басмаческих отрядов, но и против мусульман Средней Азии в целом. Фактически этот член Революционного военного совета в 1921 году обвинил руководство Туркестанского фронта в геноциде по отношению к мирным жителям. В одном из докладов он писал: «За три года борьбы с басмачеством сводки доносят об уничтожении до 300 тысяч басмачей (большая цифра как раз падает на первые годы), в то же время басмаческие шайки никогда не превышали 15 тысяч. Следовательно, мы имеем систематическое уничтожение трудового дехканства, а не ликвидацию басмачества».
Расстрелы мирных жителей, грабежи и уничтожение кишлаков осуществлялись не без ведома высшего советского руководства. Так, в письме от 18 октября 1922 года полномочный представитель РСФСР в Бухарской республике Фонштейн писал командующему фронтом Шорину, что если басмаческие отряды в районе Восточной Бухары в ближайшее время не сдадут оружие, следует начать сжигать кишлаки дотла и угонять скот.
Председатель Чрезвычайной тройки ГПУ по Самаркандской области Сергазиев признавал, что части Красной армии при первых же боевых столкновениях с басмаческими отрядами не удержались от соблазна и стали грабить, оскорбляя религиозные и национальные чувства населения, чем способствовали развитию басмачества. С другой стороны, он предлагал создавать концентрационные лагеря и отправлять туда родственников руководителей басмаческих отрядов. Сергазиев также выступал за организацию карательных экспедиций с широкими властными полномочиями, которые, в случае надобности, использовали бы террористические акты для устрашения населения. «По всей Самаркандской области должен быть проведен с участием возможно большего количества красноармейских частей военный террор, не останавливавшийся перед сожжением целых кишлаков, кои будут признаны гнездами басмачей».