Летом 1942 года ситуация на фронте вновь резко обострилась. Фашисты форсировали Дон, занимая Северный Кавказ, рвались к бакинской нефти. С тяжелыми оборонительными боями наши войска отступали, сковывая основные силы ударных армий вермахта. В августе поступает приказ об эвакуации училища за Волгу, в село Борское Куйбышевской области. Путь, сам по себе не близкий, 1600 километров по прямой, — был отрезан врагом. Тем, кто перебазировался по земле, предстояло сделать крюк: их маршрут лежал по железной дороге до Баку, морем до Красноводска, а затем снова по железной дороге через Ташкент к берегам Волги. В общей сложности это превышало 5000 километров.
Участник эвакуации полковник П. Савчук вспоминает: «Я был назначен начальником 1-го эшелона, в котором разместилось 700 семей. В нем было 1200 детей. Старшими в вагонах были женщины, мужчин в эшелоне не было вообще. Эшелон шел от Моздока до Борского полтора месяца. За это время в пути умерло пятеро детей, родилось — восемь. Железнодорожный эшелон был так велик, что даже не вмещался на железнодорожных станциях. Несколько раз железнодорожники пытались его «разорвать», то есть сделать два состава, но по просьбе и настоянию моему этого не произошло…» Последние эшелоны прибыли в Борское 15 ноября — наземная эвакуация на этом завершилась.
Перебазирование самолетов прошло несколько проще. Около 300 машин разных типов летели по ломаной линии Моздок — Элиста — Астрахань — Гурьев — Уральск — Борское.
Как только перелет завершился, курсанты сразу приступили к учебе, к полетам. Надвигалась суровая зима, к которой южане не привыкли, а потому все силы были брошены на то, чтобы встретить ее во всеоружии.
Личный состав строил землянки под печи и маслогрейки, делал лыжи для самолетов, завозил всевозможное топливо, заготавливал овощи для зимнего хранения, расчищал площадки под аэродромы. Занимались всем этим в основном авиатехники по выходным дням и после работы на старте. Чем могли — помогли местные органы власти.
Весной 1943 года система летной подготовки упорядочилась: на одних аэродромах учили на первоначальных и переходных типах самолетов (У-2, УТ-2, И-16), на других — на боевых (Як-7, Ла-5). А в конце июня в училище создали экспериментальную группу по обучению летчиков сразу на боевых машинах. В эксперименте приняли участие около 30 курсантов. Олег Вороненко, обучавшийся в этой группе, так вспоминает об этом: «Программа обучения на самолете Як-7у была выполнена в довольно сжатые сроки… всего за 50 календарных (20 летных) дней. Весь летный и технический состав, все курсанты работали напряженно. Каждый курсант налетал за это время по 15–20 часов, сделав по 100–120 полетов. Исключительно много пришлось повозиться с нами инструкторам-летчикам. Этот период был до предела насыщен полетами на отработку техники пилотирования в зоне, осуществлялись полеты строями, высотные, полеты на боевое применение — воздушные бои, стрельбы по щиту и по конусу, воздушная разведка и прочее».