Благодаря этим качествам И. С. Банифатова выдвинули на должность командира звена, а вскоре — заместителя командира эскадрильи. Весной и летом 1944 года чаще всего вылетал на уничтожение кораблей противника в Финском заливе. 24 апреля в составе группы из шести штурмовиков повредил тральщик и потопил быстроходную десантную баржу. 29 мая в группе потопил сторожевой катер и сторожевой корабль. Только за один день, 18 июня, группа под его руководством потопила две мотошхуны, две быстроходные десантные баржи и повредила одну баржу, а на следующий день шестерка Ил-2 уничтожила транспорт противника. Когда Ил-2 был сильно поврежден прямым попаданием зенитного снаряда, Иван Банифатов не оставил поля боя, продолжал уничтожать врага.
Всего за время Великой Отечественной войны Иван Сергеевич совершил более 100 боевых вылетов, потопил лично 7 быстроходных десантных барж, 2 сухогрузные десантные баржи и сторожевой корабль противника. А за 22 боевых вылета, в которых он был ведущим, потоплено 17 и повреждено 16 кораблей противника. И все это выполнено так называемым топ-мачтовым способом.
«Что это такое?» — спросит читатель.
Топ-мачтовый— это значит ниже мачт. При сбрасывании с самолета Ил-2 четырех фугасных авиабомб весом 100 килограммов одна обязательно попадала в борт корабля. Но для этого летчику надо выбрать точку захода на цель, снизиться до 30 метров и идти над водой на этой высоте с постоянной скоростью до момента сброса бомб, которые не падали на цель сверху, а шли к кораблю, подпрыгивая на воде, словно камешек, брошенный ловкой рукой. Этот вид бомбометания требовал не только большого мастерства, но и большого физического, морального напряжения летчика. При подходе самолета к кораблю-цели вражеская артиллерия открывала огонь. Сначала из дальнобойных орудий. Разрывы снарядов вздымали фонтаны воды, мешая летчику правильно зайти на цель. При сокращении дистанции противник начинал стрельбу из орудий малого калибра и «эрликонов». Между тем летчику обязательно надо подойти к борту корабля под углом 90 градусов, чтобы увеличить эффективность бомбометания. Требовались стальные нервы, выдержка, мужество. Такую атаку можно сравнить только со штыковым боем пехоты. После сброса бомб штурмовик переходил в набор высоты и проходил буквально в нескольких сантиметрах над верхушками мачт атакуемого корабля. Десятки раз ходил в такие атаки И. С. Банифатов.
За смелые и решительные действия он награжден четырьмя орденами Красного Знамени. 6 марта 1945 года Ивану Сергеевичу Банифатову присвоено звание Героя Советского Союза.