Происходят перемены и с самим Никоном. Это кажется почти невероятным, особенно если вспомнить о тех приступах упрямства, какие станут его посещать в годы патриаршества. Но Никон, восходящий вверх, вовсе не был таким, каким он стал на самой вершине своей карьеры. Он не оставался слепым к тому, что происходило вокруг него, и пытался приспособиться. Так, его подпись стоит под Соборным уложением, при том, что отдельные статьи Уложения вызывали у него резкое неприятие и критику. Непоследовательность Никона его противники объясняли по-разному и всегда не в его пользу: то «страх земной», то прозаический расчет. На самом деле, выступление против Уложения могло стоить ему карьеры. Никон слукавил, смолчал, рукоположился, тем более что рукоположились чины вышестоящие. Возможно и то, что в это время он еще сам до конца не осознал главную тему своей жизни — защиту священства, в священстве — патриаршества, а в патриаршестве — себя.
Но еще большие изменения претерпели религиозные «пристрастия» Никона. Появление его в 1646 году в столице означало пополнение рядов провинциальных ревнителей. Неронов, в будущем великий ненавистник патриарха Никона, позднее не упустил случая уколоть его неприятным воспоминанием. Ныне, мол, греков хвалишь, «а прежде сего от тебя же слыхали, что многижды ты говаривал нам: гречане-де и Малые Росии потеряли веру и крепости и добрых нравов нет у них».
Стиль Никона в эти первые месяцы московского пребывания — аскетизм, идеал — святорусская церковная старина. Иного трудно было ожидать от игумена пустынной северной обители, гордой своей уверенностью в собственном непоколебимом благочестии. Однако очень скоро Никон убедился, что нападки на греческое благочестие не вызывают сочувствие ни у царя, ни у столичных ревнителей. Смена «веры» дала повод будущим староверам упрекать Никона в лицемерии. Верил в одно, потом переменился, убедившись, что царь и его ближайшее окружение исповедуют другое. Упрек серьезный и тем более важный, что ставит под сомнение искренность Никона. Лукавил ли он или сознательно уверился в превосходстве греческого благоверия? На этот вопрос трудно ответить определенно. Вся прежняя жизнь не дает оснований подозревать Никона в желании сделать церковную карьеру. Для того следовало бы остаться в Москве, а не ехать на север и уж тем более не оседать в Анзерском скиту. Но затем в поведении Никона появляется нечто такое, что прежде было ему чуждо: его начинает одолевать жажда власти, заставляющая при необходимости и угождать, и молчать.
Конечно, нельзя сбрасывать со счетов право Новоспасского архимандрита перемениться внутренне: ведь обращали его в «грекофильскую веру» люди, несомненно, авторитетные, опиравшиеся на развернутую богословскую аргументацию и традицию. Возможно, в итоге сошлось все сразу: честолюбие, расчет, вера в собственную избранность, готовность, наконец, поверить в то, во что очень хотелось и надо было поверить.