К этому времени правительство уже успело провести мобилизацию, позаботившись о создании войска боеспособного и социально устойчивого. В лексику обычных грамот, зазывавших дворян на службу, были внесены даже необходимые коррективы. Дворянам напомнили, в частности, что проливать кровь им на этот раз придется и «за свои домы». Против Степана Разина направили сотни замосковного дворянства и «выборные» солдатские полки Шепелева и Кравкова — лучшее, чем располагало в это тревожное время правительство. В продолжение нескольких дней царь проводил смотр войскам, насчитывающим, по сообщению Рентенфельса, 60 тысяч человек.
Постепенно воеводам удалось перехватить инициативу и начать планомерное наступление на отряды восставших и захваченные ими уезды. Дольше всех продержалась Астрахань, которую удалось усмирить лишь в ноябре 1671 года. Порядок восстанавливался твердо и беспощадно. Людей гроздьями развешивали на виселицах, сажали на колья, четвертовали. Это торжество победителей кажется еще более мерзким, чем расправы Разина и разинцев.
Сам Степан Тимофеевич в последние месяцы движения находился на Дону. Он надеялся вновь собраться с силами и еще раз тряхнуть царством. Однако по мере того как на Дон приходили вести о неудачах движения, домовитое казачество упрочивало свои позиции. Сторонники Разина даже решились на отчаянный шаг — расправиться с К. Яковлевым. Но заговор не удался, его участников круг приговорил к смерти. В феврале 1671 года Разин явился к Черкасску. Старшина не решилась арестовать его. Но у нее хватило влияния, чтобы уговорить круг не впускать его в войсковую столицу. Этим казачество как бы отмежёвывалось от «воровства». Яковлев использовал ситуацию, чтобы выпросить помощь против своего непокорного крестника. Москва ответила большим: в неделю Православия Степану Разину пропели анафему. 14 апреля Яковлев и казаки ворвались в Кагальский городок и схватили Степана Разина вместе с братом Фролом. Старые казаки вполне оправдались в глазах властей, особенно после того, как, откупившись головою Степана Разина, сделали им еще одну уступку: отныне Войско присягало государю. Четыре дня бушевал возмущенный круг, пока домовитые не уломали молодых казаков и не заставили их целовать крест Алексею Михайловичу.
В июне братья Разины были привезены в Москву. Пытали их в Земском приказе, при боярах. Допросы продолжались несколько дней с четырех часов утра до трех-четырех часов дня. Царь пристально следил за следствием и задал несколько собственных вопросов — «статей». Он остался верен себе: царя более всего интересовали детали, помогавшие ему разобраться в поведении отдельных людей. Остались ли верны ему и клятвоцелованию те или иные дворяне? Не было ли среди них отступничества или измены? Алексей Михайлович требует от бояр расспросить мятежника «о князе Иване Прозоровском и о дьяках: за што побил и какая шуба?». Последнее свидетельствует о том, что и до царя дошли слухи о знаменитой шубе, которую будто бы вымогал Прозоровский у Разина по возвращении грозного атамана из персидского похода. В народном сознании эта шуба потом долго сопровождала Степана Тимофеевича: тот будто бы «пожаловал» жадного воеводу ею, сопроводив дар словами: «Бери шубу, лишь бы не было бы шуму». Но подарок оказался с изъяном, поскольку в народной молве та шуба потом «зашумела по Волге». Алексей Михайлович, конечно, был далек от подобной интерпретации подарка атамана. Ясно, однако, что после всего случившегося этот случай бросал тень на память Прозоровского, и Тишайший хотел окончательно выяснить для себя, что стоит за слухом.