В Кремле смотрели сквозь пальцы на чудачества Морозовой. Во-первых, из-за царицы, во-вторых, из-за памяти, которую царь питал к Морозовым, в-третьих, из-за того, что Феодосия Прокофьевна была, по-видимому, не одна такая: при дворе имелись и другие приверженцы двуперстия. Требовалось, однако, соблюдение некого приличия — не бравировать своими убеждениями, не кичиться ими, на людях по-старому открыто не молиться. Морозова до поры до времени так себя и вела. Но после ссылки на Мезень Аввакума она осмелилась бросить открытый вызов церковным властям и двору. Перестала являться на службы, причем ссылаясь не на нездоровье — вот лазейка! — а на то, что службы служат никоновские попы.
По царскому слову вразумлять строптивую вдовицу были посланы архимандрит Чудова монастыря Иоаким (будущий патриарх) и Петр ключарь. Морозова не исправилась, и летом 1665 года указано было отписать на царя часть вотчин вдовы. Жесткая мера, по-видимому, внесла известный диссонанс в семейную жизнь Алексея Михайловича. Во всяком случае царица не отказалась от мысли заступиться за свою боярыню. Подходящий момент наступил в октябре 1666 года, когда только что разрешившаяся от бремени царевичем Иваном Мария Ильинична попросила вернуть Морозовой часть московских вотчин ее мужа. Алексей Михайлович не посмел противиться, и просьба была уважена.
Особые отношения с царицей удерживали Феодосию Прокофьевну от крайних шагов. Она даже «приличия ради… ходила к храму». Но смерть царицы развязала ей руки. Не стало заступницы, способной умерить гнев Тишайшего. Но отпала окончательно и необходимость таиться и сдерживать себя. В конце 1670 года Морозова приняла тайный постриг. Теперь под пышной одеждой боярыни она носила жесткую власяницу.
Постриг, пускай и тайный, ко многому обязывал. Пространство для компромисса сузилось до размера дома. Но «верховая» боярыня — боярыня придворная, и ей невозможно замкнуться за стенами своей усадьбы.
22 января 1671 года Морозова отказалась присутствовать на второй свадьбе Алексея Михайловича, где ей предстояло «в первых стояти и титлу царскую говорити». От царского недовольства не спасла и ссылка на недуг. Отказ был воспринят не просто как вызов, но как демонстративное оскорбление государя. И все же Тишайший еще сдерживался, пытался образумить закосневшую раскольницу внушением и игрою на любви к сыну — ведь от ее строптивости могла пострадать карьера единственного сына Ивана.
Напрасно. Морозова непреклонна. Она сделала свой выбор. Терпение царя лопнуло. В ночь на 16 ноября 1671 года Морозова была взята под стражу вместе с сестрой, княгиней Е. П. Урусовой. В Чудовом монастыре власти учинили допрос сестрам. Обе стояли на своем и наотрез отказались причащаться по Служебникам новой печати. Настало время мучений и мытарств по тюрьмам.