Академия закончена успешно. Первушин получает звание кандидата богословия. Может быть, восторженный отзыв петербургского профессора сыграл решающую роль при распределении Первушина. Его посылают преподавателем математики в Пермскую духовную семинарию, но, оставив работу в семинарии, он становится приходским священником в Перми, а через три года (в 1856 году) навсегда уезжает в далекое село Замараевское Шадринского уезда Пермской губернии — и тоже священником…
Почему он уехал в глушь — в точности неизвестно. Об этом сам Иван Михеевич вспоминал с неохотой: «Тут бушевали страсти и произвели столько крушений, что припамятование становится болезненным для меня, соблазнительным для других, возбуждающим ядовитые насмешки в прочих злых сердцах». И — реплика, сказанная им позже: «Ухо востро! Глаз зорок! Помнить расчет Николая Гавриловича Чернышевского». А Чернышевский в это время находился в Петропавловской крепости… И слова, написанные Первушиным уже в Замараевском, звучат предостережением самому себе. По-видимому, Первушину не были чужды идеи революционно-демократического движения.
Известно также, что Пермская духовная семинария была одним из центров распространения революционных идей: там раскрыли тайную группу. Власти расправились с руководителями этого кружка и рассеяли остальных членов его по России.
Очагом распространения крамольных идей была и Казанская духовная академия. Возможно, Первушин был как-то связан с этими кружками. Об этом свидетельствует список членов пермско-казанского революционного кружка. Его составил флигель-адъютант подполковник Мезенцев. Под рубрикой «П» и за № 8 значится: «Первушин, священник в Шадринском уезде Пермской губернии». И приписка: «Сомнительно, чтобы и ныне участвовал». Значит, в пятидесятых годах Первушин участвовал в нелегальных собраниях. Возможно, его назначение рядовым священником в далекое село — это наказание, ссылка без права жительства в крупных городах России.
Когда Первушин вел переписку с Петербургской Академией наук, когда нуждался в новейшей литературе, ему ни разу не разрешалась поездка в Петербург или в Москву. И когда Иван Михеевич стал слепнуть и обратился в Екатеринбургскую консисторию за картой для поездки в Петербург или Москву, где были в то время глазные врачи, то жандармское управление не выдало ему паспорта. Видимо, крепко насолил Первушин чиновникам из Третьего отделения, если они и через тридцать лет не могли забыть «грехи» его молодости.
Занимался Иван Михеевич церковными делами, но они его не удовлетворяли. Мучился. Искал дело по душе. Мечтал «о перевоспитании общества, о глубоком и, между прочим, внимательном изучении быта крестьянства, о возможном вспомоществовании и просвещении мужиков». Первушин был уверен, что «только с развитием образования, грамотности, «положительной» науки, когда законодательства пересоздадутся на разумных естественных основаниях, когда подчиненный будет столько же образован, как и чиновник или начальник, тогда только нельзя будет умному жить на счет глупого, сильному — на счет слабого, богатому — на счет бедного».