Что же касается смелых истолкований загадки его «Святого Иоанна Крестителя», единственного или существовавшего во множестве вариантов, равно как и других поздних работ Леонардо, то их было великое множество, ибо на протяжении столетий почти ежегодно появлялись различные версии.
В своих произведениях Леонардо осмеливался игнорировать несносное для него противостояние полов, создав образ андрогина в чистом виде, воплотившего в себе наиболее восхитительные человеческие черты. Андрогин заменил для него эфеба, став символом совершенства. В известном смысле он пытался найти третий пол – высшее существо, превосходящее и мужчину, и женщину, объединяющее в себе лучшие черты их обоих и не имеющее их недостатков. В качестве воплощения этого совершенного андрогина Леонардо представил «Святого Иоанна Крестителя».
Интересные результаты дает сравнение «Святого Иоанна Крестителя», «Вакха» и того странного рисунка, представляющего собой комбинацию акварели и граффити, который получил название «Воплощенный ангел». На нем можно разглядеть изображенный в несколько завуалированном виде достаточно большой мужской член в состоянии эрекции. Этот рисунок, производящий странное впечатление, вызывающий смешанное ощущение трепета и тревоги, многое может сказать о природе сексуальности Леонардо да Винчи. В сочетании с двумя другими упомянутыми картинами он со всей очевидностью обнаруживает гомосексуальность Леонардо. Все три человека, изображенные в этих произведениях, поднимают указательный палец к небу. У «Вакха» он располагается менее вертикально, чем у двух других, но это тот самый жест. Правда, смысл этого жеста совсем не тот непристойный, который зачастую придают ему. Он означает приветствие Марии, дабы она заступилась за нас, несчастных грешников, перед своим сыном. И все же, не заключает ли в себе этот жест некий эротический подтекст? Что же касается языческого «Вакха», гермафродита (женоподобное тело с грудной мышцей, напоминающей женскую грудь), то его обращенный к небу указательный палец воплощает в себе всю двусмысленность мира. Здесь особенно откровенно, по замыслу автора, сочетаются высокая духовность и самые низменные желания…
«Святой Иоанн Креститель», представляясь ангелом, ведет себя как вульгарное создание. Гомосексуалист представляется трансвеститом, и его ангельское приветствие сразу же превращается в нечто непристойное, наподобие жеста, которым проститутка заманивает клиента. В результате же улетучивается даже малейшая ассоциация с Девой Марией. Тем более что у этого воплощенного ангела впавшие глаза, нездоровый вид, порочный или больной или же то и другое сразу. Невольно возникает ассоциация с будущими жертвами СПИДа. Эти андрогины Леонардо, красивые молодые люди с женскими чертами в облике, не опускают глаз, смотрят какими-то победителями, триумфаторами, коим бессильно противится благо. Эта чарующая улыбка позволяет предполагать некую любовную тайну.