Гордый Леонардо покидал Флоренцию с тайной надеждой, что родина еще оценит его. Но он ошибался. Ни одного жеста примирения со стороны родного города не последовало. Впрочем, загруженный работой, он не имел времени предаваться грустным размышлениям. Помимо «Мадонны в скалах», которую Леонардо переделывал в сотрудничестве с братьями да Предис, его время поглощали задания, получаемые от д’Амбуаза, занятого восстановлением Ломбардии, пострадавшей от затянувшихся войн.
Леонардо фактически продолжил то, чем занимался еще во времена незабвенного Лодовико Моро.
По прибытии в Милан Леонардо первым делом отправился посмотреть на свою «Тайную вечерю». Процесс ее разрушения медленно, но неуклонно продолжался. Еще в 1502 году французский король Людовик XII, вступив в Милан, изъявил желание, чтобы фреска была снята со стены и отправлена во Францию. Поскольку сделать это не представлялось возможным, пригласили художников для копирования. В 1503 году Брамантино получил официальный заказ сделать уменьшенную ее копию на деревянной панели. Французы были бы не прочь увезти на родину всё, что Леонардо да Винчи создал в Милане, начиная с «Мадонны в скалах». Но какую версию: старую или новую?
В июне 1506 года д’Оджоно, лучший из учеников Леонардо, в свою очередь получил задание изготовить копию «Тайной вечери» на полотне размером 6x3 метра. Картина была вставлена в золоченую рамку, украшенную четырнадцатью медальонами с изображениями пророков и сивилл.
Леонардо направился и туда, где когда-то красовался его грандиозный конный монумент, и обнаружил лишь его обломки, безобразную груду гипса. В период своей первой оккупации города в 1502 году французы немало потрудились, с воодушевлением швыряя в «Большого коня» камни и обстреливая его из арбалетов!
Д’Амбуаз предоставил Леонардо роскошное жилище и обходился с ним как с равным. Он готов был потакать всем его прихотям… А Леонардо, пренебрегая «Мадонной в скалах» (уже какой по счету ее версией?), увлекал своего нового покровителя проектом увеселительной виллы, которую предполагалось построить на территории между двух рек и которая бы со своими садами и фонтанами гармонично вписалась в окружающий пейзаж.
Тем временем три месяца увольнения, предоставленные Содерини, незаметно пролетели. И тогда губернатор Милана д’Амбуаз в августе лично направил Синьории письмо с просьбой предоставить Леонардо дополнительную отсрочку. Ссылаясь на то, что его присутствие в Милане абсолютно необходимо, он добивался разрешения на его дальнейшее пребывание там. Просьбу д’Амбуаза уважили, и Леонардо занялся организацией праздников и реализацией всякого рода проектов. Он изобретал музыкальные мельницы, органы, в которых пела вода, и фонтаны с гармонично согласованными струями. Как-то раз он целый день наблюдал за мухами, наслаждаясь их мелодичным жужжанием и задаваясь вопросом: каким образом мухи производят эти звуки? Своим ртом или крыльями? Пришел к заключению, что крыльями. И тут же решил превратить их в музыкальный инструмент. Наловив мух, он запер их в коробке, где они принялись яростно жужжать. Подрезав им крылья и склеив их затем по-другому, он напряженно вслушивался, пытаясь уловить разницу в звучании, происшедшую в результате его эксперимента… В записной книжке он отметил: