Русские победы и успешные балканские восстания вызвали массовые кровопролития и эмиграцию среди мусульманского населения утраченных провинций. Первым мусульманским регионом, завоеванным христианской державой, был Крым, из которого в конце восемнадцатого века около 100 000 татар бежало в Османскую империю, В 1854-1856 годах, когда османские, французские и британские армии вторглись в Крым, лояльность татарского населения Российской империи оказалась под подозрением, и многие деревни были уничтожены казаками, что привело к эмиграции в Османскую империю еще более 300 000 татар, причем тысячи погибли во время эмиграции. Русское завоевание Кавказа также привело к массовой эмиграции, причем большей частью насильственной: «из 1,2 млн. черкесов и абхазов, покинувших свою землю», по оценкам, «выжило только две трети»; а всего в середине девятнадцатого века «беженцы из Крыма и Кавказа составили десять процентов населения Анатолии». Однако даже это огромное количество беженцев с причерноморских территорий, захваченных Россией, было превзойдено мусульманским исходом из Балкан. Окончательным результатом упадка и распада Османской империи стало то, что к 1923 году подавляющее большинство мусульманского населения Балкан было изгнано или перебито. То же самое случилось со всем, хотя и небольшим, христианским населением Анатолии.
Поток мусульманских беженцев неизбежно обострил межнациональные противоречия в оставшихся провинциях Османской империи, но не менее важны были и другие факторы.
В девятнадцатом веке большая часть османской экономики находилась практически в руках европейских и османских христиан. Если в семнадцатом веке иностранная торговля еще велась в основном с другими частями Азии, то теперь подавляющая ее часть приходилась на Европу, и неудивительно, что османские христиане благодаря языку, культуре и контактам заняли в этой торговле ключевые посреднические позиции. Накануне Первой мировой войны все 40 частных банкиров и все биржевые брокеры Константинополя были немусульманами. «Треть османской торговой палаты состояла из греческих фирм и организаций». Даже в таких областях, как сельское хозяйство и ремесла, где можно было бы ожидать преобладания мусульман, иностранцы играли большую роль. К примеру, производство ковров в Западной Анатолии теперь было в руках шести крупных британских фирм. «Пока мусульмане по традиции собирали основную часть урожая зерновых, милеты контролировали и собирали куда более ценные урожаи валюты, экспортированной на иностранные рынки».