Период между двумя турами выборов был омрачен постоянной неспособностью некоторых государственных структур уважать право граждан свободно осуществлять свой выбор, а также хранить политическую нейтральность в соответствии со своими правовыми обязательствами. После объявления официальных результатов первого тура выборов наблюдатели сообщали о случаях, когда на государственных служащих и студентов оказывалось давление в поддержку господина Януковича, и о многочисленных случаях притеснений правоохранительными органами активистов агитационной кампании господина Ющенко.
Второй тур голосования был скомпрометирован такими существенными недостатками:
1. Злоупотребление государственными ресурсами в интересах Премьер-министра засвидетельствовало пренебрежение фундаментального принципа различения государственных и партийных политических интересов;
2. Отдельные граждане, которые в своих средствах к существованию прямо или опосредованно зависят от государства, были заставлены получить и сдать руководству открепительные удостоверения. Наблюдатели сообщают, что настоящие документы организованно собирались на рабочих местах. Потому гражданам не дали реализовать свое избирательное право, поскольку получение такого документа автоматически лишает избирателя права голосовать на избирательном участке по месту первичной регистрации;
3. В других регионах отсутствие надлежащего учета количества выданных и использованных «открепительных удостоверений» могло способствовать многократному голосованию, потенциально влияя, таким образом, на честность результатов голосования. Обеспокоенность по этому поводу подчеркивается многочисленными фактами использования избирателями открепительных удостоверений. Некоторых избирателей развозили по областям автобусами.
4. Недостаточная прозрачность при установлении итогов голосования в первом туре выборов и затягивание с объявлением официальных результатов выборов со стороны ЦИК привели к сокращению периода избирательной кампании, что негативно отразилось на уже и так напряженной политической атмосфере;
5. ЦИК не смог предоставить данные результатов первого тура голосования по избирательным участкам, подрывая, таким образом, доверие к избирательному процессу. Невзирая на многократные просьбы МСВ ОБСЕ/БДИПЛ перед обоими турами выборов, ЦИК не смогла предоставить информацию о количестве бюллетеней, выданных каждой ТИК, и о количестве бюллетеней, переданных заграничным участкам. Перед вторым туром выборов Комиссия не смогла предоставить МСВ ОБСЕ/БДИПЛ или публично объявить количество открепительных удостоверений, переданных и выданных в каждом избирательном округе, и о количестве граждан, включенных в списки избирателей каждого избирательного округа в период между первым и вторым туром голосования. Все это засвидетельствовало недостаточное внимание к вопросам прозрачности и ответственности;