В Китае монголы вписались в классическую схему смены династий вследствие нарушения предыдущим императором «мандата Неба». В результате Монгольский улус переродился в династию Юань. После прихода к власти Хубилая центр ханской политики был перенесен в Китай. Уже в 1264 г. столица переместилась в Ханбалык, а в 1271 г. хан официально провозгласил империю Юань. Как уже сказано, в 1279 г. весь Китай лег к ногам завоевателей. Правительство возглавляли два канцлера (левый - цзочэнсян и правый -ючэнсян), которым подчинялся государственный совет (чжуншушэн). Правый канцлер одновременно являлся главой правительства, которое состояло из шести бу (министерств, ведомств). Кроме этого, в центральный аппарат входил главный военный совет (шумиюанъ) и главный цензорат (юйшитай). Империя Юань подразделялась на 11 провинций (шэн), которые были поделены на административно-территориальные органы управления более низкого иерархического уровня: дороги (лу), области (фу) и т.д. Параллельно существовало 22 военных округа (дао).
Официально все население страны было разделено на четыре категории. Монголы имели наибольшую совокупность прав и привилегий. Вторую позицию занимали так называемые «цветноглазые» выходцы из Западной и Средней Азии (сэмужэнь). Они использовались монголами в управлении, поскольку не были связаны с местным китайским населением и не были включены в клановую иерархию завоевателей-монголов. Ниже располагались выходцы из Северного Китая - ханьцы, чжурчжэни, кидани, бохайцы (ханъжэнъ). Самое низшее место в иерархии отводилось населению империи Сун (нанъжэнъ).
Юаньские императоры и высшая элита активно усваивали конфуцианскую доктрину. Сэму исповедовали ислам и христианство, чуждые для подавляющей массы населения династии. Сэму полностью были зависимы от монголов и поэтому проводили политику монгольских ханов и их сподвижников. По некоторым подсчетам, численность монголов и сэму в официальных учреждениях составляла не менее 30%. Квоты поддерживались искусственно, и даже когда была реанимирована система экзаменов на должность, для монголов и сэму были введены облегченные испытания. При этом прослеживается четкая тенденция увеличения количества представителей монголов и сэму с повышением уровня бюрократической иерархии.
Захватив обширные территории Северного Китая, монголы уделяли большое внимание подготовке квалифицированных переводчиков для управления ими. На первых порах монголы использовали для записывания текстов на родном языке уйгурский алфавит. Собственно монгольская письменность была создана при Хубилай-хане тибетским ламой Суматидхважей (Пагба-лама) в 1269 г. Так называемое «квадратное письмо» не имело длительной истории и по возвращении монголов в степь после падения Юаньской династии номады опять вернулись к уйгурскому письму. Это письмо использовалось также в Золотой Орде, где монгольская элита выдавала ярлыки, написанные на монгольском языке буквами уйгурского алфавита.