Хубилай и его преемники хотели опереться на китайских чиновников, а не на ненадежную монгольскую знать, и стремились восстановить систему экзаменов. Правда, это получилось лишь с пятой попытки в 1313 г., причем монголы и другие некитайские подданные могли сдавать экзамены по облегченной программе. Каракорум оставался священной столицей империи, но властители предпочитали жить в новой ставке - Ханбалыке (совр. Пекин). Судьбы империи Юань все дальше расходились с траекторией развития других монгольских улусов (Джучи, Хулагу, Чагатая), где в первой трети XIV в. утверждается ислам.
В первые годы правления Хубилая был воссоздан государственный аппарат по китайской модели. Однако крепость государства зависела не от моши его государственного аппарата. Быстро росло крупное землевладение, подтачивающее финансовую состоятельность и военную силу Юаней. Число податных сокращалось, а рабы и арендаторы налогов не платили. И монгольские князья, и монастыри, и китайские землевладельцы действовали одинаково, укрывая от переписи «своих» крестьян. Попытки контролировать внешнюю торговлю, запретив частным судам выход в море, оставались безуспешны. Крепостные, приписанные к монгольским гарнизонам, разбегались. Командиры пьянствовали, пренебрегая подготовкой войск. Столицу сотрясали интриги, министры не задерживались у власти.
На Китай надвигался голод. Возможно, он был вызван аграрным перенаселением самых плодородных районов, но важнее, что во второй четверти XIV в. на страну обрушились бедствия — эпидемии, нашествия саранчи и ливневые дожди, несущие наводнения. В этом видят признаки изменения климата, проявившиеся и в Западной Европе. Последствия стихийных бедствий были столь разрушительны потому, что дамбы и плотины не чинились, склады не ремонтировались и хранящееся в них зерно гнило. Транспортные средства выходили из строя, в связи с чем запасы продовольствия пополнялись плохо, и зерно не могли доставить в голодающие провинции. В 1344 г. р. Хуанхэ разрушила давно не ремонтированные дамбы и изменила русло, затопив Шаньдунский полуостров и разрушив Великий канал - главную артерию снабжения столицы и северных районов. В глазах населения это было знаком утраты династией «мандата Неба». Вспыхивали мятежи, активизировались тайные общества, готовившие восстание, и все чаще китайцы вспоминали древнее изречение: «У варваров не бывает удачи, которая длилась бы сто лет».
Как это уже случалось в империях Тоба и Цзинь, в условиях кризиса придворные круги были склонны к «традиционалистской реакции», призывая вернуться к монгольским обычаям. Цзайсян императора Тогон-Тэмура (1333-1370) Хэнань Баян пытался запретить употребление китайского языка при дворе, закрыл придворную академию, задавшись целью изгнать китайцев с государственной службы, возобновил запреты китайцам иметь оружие и лошадей, охотиться, выходить из дома в ночное время. Для устрашения он предлагал вырезать всех китайцев, носящих определенную фамилию (например, Ли, Ван, или Чжан), но реализовать это начинание не успел, сам пав жертвой придворных интриг. Его преемник Тогто не только восстановил систему экзаменов и академию, но и руководил написанием истории трех последних империй (Ляо, Цзинь и Сун). Затеяв грандиозные работы по восстановлению дамб, прорванных наводнением 1344 г., Тогто произвел денежную реформу, выпустив большое количество не обеспеченных товарными ресурсами бумажных денег, давших ему в руки средства для содержания миллиона рабочих и двадцатитысячной охраны. Китайские советники предупреждали его о негативных последствиях реформы, монголы указывали на опасность концентрации такого количества китайцев. Но цзайсян настаивал - работы были необходимы для снабжения Севера.