Столкновение христианского центра и мусульманской периферии было неизбежным. Первые серьезные конфликты пришлись еще на царствование Амда Цыйона, внука Йекуно-Амлака, который вел активные завоевательные походы. Внешне это выглядело как религиозная борьба, на деле преследовало цель не уничтожения или обращения противника в свою веру, а контроля над торговлей и торговыми путями. Об этом говорит и легкость неоднократного перехода простого люда из одной веры в другую. Среди подданных негусов насчитывалось немало мусульман. Так, Зара-Якоб писал египетскому султану Джакмалу, осуждая того за разрушение коптского монастыря в Каире, что сам он, имея много мусульманских подданных, весьма добр, позволяет им одеваться, как они хотят, жить, как хотят.
Тем не менее борьба продолжалась с переменным успехом. Соперники обменивались угрозами и нередко приводили их в исполнение. Правитель Эфиопии так писал предводителю мусульман: «Разве ты не знаешь, ... что я заключил в тюрьму и сделал слугой твоего брата Хакк-ад-Дина? И с тобой я так же поступлю, низложу тебя с престола твоего и погублю тебя - если ты убил 10 христиан, я убью у тебя тысячу Если ты убил сто, я убью у тебя десять тысяч». А в ответ он получил такое послание: «Я не приду к тебе, ибо у меня войска больше, чем у тебя. И оно сражается мечами, ножами, стрелами. Если хочешь, приходи ко мне... а если нет, я приду и буду воевать с тобой».
Многих лет потребовало замирение фалаша. Этот небольшой народ, живший к северу от озера Тана, исповедовавший иудаизм доталмудическо-го толка и ныне почти полностью переселившийся в Израиль (где его называют «эфиопские или черные евреи»), долго и упорно сопротивлялся завоеваниям.
Гипотезы о происхождении фалаша
Происхождение фалаша до сих пор остается загадкой. Существует множество версий. Одни считали их потомками беженцев из Иерусалима, которые после разрушения Храма переселились в Египет, где основали Элефантину, а впоследствии поднялись вверх по Нилу, спасаясь от преследований фараонов. Другие полагали, что они потомки евреев-рабов, отказавшихся уходить из египетского плена с Моисеем.
Есть и другие версии. Фалаша - якобы потомки «потерянного племени Дан»; они - местные жители, обращенные йеменскими иудаистами, бежавшими через Красное море, возможно, во время аксумо-хымьяритских войн VI в.; они - прямые потомки Моисея, женившегося на местной женщине, когда он был послан фараоном на завоевание Верхнего Египта.
Наконец, некоторые ученые считают, что народ фалаша сформировался как этноконфессиональная группа в Средние века в центральной Эфиопии. Сами фалаша в своих устных преданиях уверяют, что их предки вышли из Иерусалима в составе свиты Менелика I, сына библейского царя Соломона и царицы Савской.