По данным совладельцев ЮКОСа, собирать компромат на руководителей ЮКОСа начали в феврале или марте 2003 года — сразу после выступления Ходорковского на встрече Российского союза промышленников и предпринимателей с Путиным 19 февраля. Между ним и президентом произошел довольно резкий обмен мнениями, когда речь зашла о покупке «Северной нефти» по завышенной цене государственной нефтяной компанией «Роснефть», которую лоббировал Игорь Сечин. Стоит учесть, что в начале 2003 года ближайшего соратника Путина Игоря Сечина в публичном пространстве еще мало кто знал и мало кто рассматривал как сильную политическую фигуру, тем более как «серого кардинала». В администрации президента Александр Волошин оставался все еще куда более влиятельной фигурой в глазах журналистов и экспертов, чем Сечин или любой из «питерских» людей, совсем недавно пришедших в Кремль вместе с новым президентом.
По данным некоторых моих источников в ФСБ, интересоваться ЮКОСом начали раньше, в самом конце 2002 года. Не исключено, что напряжение между «конторой» и ЮКОСом возникло на волне истории с Владимиром Гусинским, его посадкой и всей ситуацией с его активами. ЮКОС, напомню, дал Гусинскому вексельный кредит на 200 млн. Алексею Кондаурову и Леониду Невзлину позвонили из ФСБ и попросили подъехать.
Леонид Невзлин: В какой-то момент стало понятно, что телевидение — это основа новой власти. И все, что касалось этой темы, должно было быть под контролем государства. И вот история с Гусинским и нашей поддержкой. На меня и на Кондаурова вышли крупные чины ФСБ, не хочу сейчас называть, и просили по поручению Путина использовать этот кредит как средство судебного преследования НТВ, то есть чтобы мы подали на банкротство НТВ в арбитражный суд. Встречи были на достаточно высоком уровне, в том числе на Лубянке. Мы, разумеется, отказались. Думаю, это одна из обид на нас. Возможно, если бы согласились быть одним из орудий «замочки» Гусинского, то мы бы получили определенную линию сотрудничества. Но я тебе честно скажу, что мы даже особенно не обсуждали эту тему с Ходорковским, хотя я чувствовал некоторое давление на нас. Мы понимали, что так не поступим. А в результате на теме взаимоотношений с Путиным (а возможно, и с Волошиным и Абрамовичем) был поставлен еще один минус.
Алексей Кондауров: Если бы не выступление Михаила Борисовича в феврале 2003 года на встрече с Путиным, у нас могла бы по-другому сложиться судьба, я этого не исключаю. Я его не осуждаю. Он поступил так, как считал нужным. Он понимал риски, я тоже понимал. Я считал, что риски более серьезные, чем он думал. Дело в том, что Михаил Борисович активно общался в это время с Волошиным, Абрамовичем, Сурковым. И я думаю, они все его заверяли, что рисков не так много, как мне представлялось. Я же исходил из анализа личности Путина и из той информации о нем, которая у меня была.