За пределами простой нервной конструкции гидрохондрии организация клеток становится гораздо более сложной. Миллионы лет назад нейроны собирались в группы под названием "ганглий" (нервный узел), которые соединялись друг с другом более сложными нитями, названными дендритами (древовидная структура) и аксонами (нейрит, осевой цилиндр). Эта организация имеет более совершенные возможности для приспособления к окружающей среде, наряду с лучшей системой выживания. Еще через несколько миллионов лет нервные узлы развились до таких сложнейших объединений, как мозг рептилий и амфибий. Мозг рептилии стал, в свою очередь, основой для образования самого первого (древнего) мозга млекопитающего, который послужил фундаментом для появления ещё более развитого мозга нового млекопитающего, завершившегося появлением существующей нервной структуры человека.
Включение предшествующей системы в структуру новой изменяет старую функцию на ещё более приспособленную для поддержания нового организма. Когда самая усовершенствованная клетка, нейрон, появилась - включила в себя все функции старой клетки, она, соответственно, изменила и поведение других клеток. Когда эволюция привела к объединению мозг рептилии с мозгом появившегося древнего млекопитающего, прежняя Р-система сохранилась в целом, но она стала функционировать синхронно с мозгом млекопитающего. Характер действия Р-системы при этом изменился. Хотя Р-система все ещё управляет сенсорно-моторной системой и системой выживания, теперь она уже подчиняется системе умной и более сложной - системе млекопитающего, в условиях соответственно увеличившегося масштаба окружающей среды.
Когда появился неокортекс (мозг нового млекопитающего), рептильный мозг и мозг древнего млекопитающего подчинились частям этой более развитой организации, но при этом сохранили собственные сферы влияния и ответственности. В свою очередь, этот трехчастный мозг проложил дорогу образованию четвертого мозга. Его функцией стало обслуживание передней части коры головного мозга, названной так из-за того, что она соединена с передней частью неокортекса (область, находящаяся непосредственно за лобной частью). Эта четвертая и наиболее крупная система предназначена управлять тремя старыми структурами, хотя срывы в коммуникациях и даже путаница в их рангах в системе иерархии не исключаются. Впрочем, мы забежали вперед в нашем повествовании.
Интригующим моментом является тот факт, что главная сторона природы любой системы сохраняется при включении в новую структуру и играет при этом значительную роль. Мозг древнего млекопитающего при своем возникновении изменил природу включенной в него системы рептилии. Рептильная система продолжала работать на выживание, но уже более гибким способом.