Через несколько дней Комарова вызвали в тюремную канцелярию и объявили, что его уголовное дело рассмотрено особым совещанием при НКВД, и он без суда, обвиняемый в контрреволюционной религиозной деятельности, приговорен к лишению свободы сроком на пять лет отбытия в лагерях заключенных.
Началось напряженное ожидание судьбы: когда и куда отправят в этап. Муки терзания души заключенного от мучительных допросов сменились томлением от неизвестности будущего. Много усердных молитв приносил Комаров к Господу о том, чтобы Он усмотрел его будущее, и, получив от Него ясный ответ, успокоился: "Ибо только Я знаю намерения, какие имею о вас, говорит Господь, намерения во благо, а не на зло, чтобы дать вам будущность и надежду" (Иер.29:11).
Мощным потоком, осенняя прохлада вливалась сверху через окно камеры, но казалось, что она нисколько не освежала той духоты, какой были заполнены многолюдные камеры. Жене посчастливилось поместиться прямо под окном, и он с жадностью вдыхал свежий воздух, особенно ночами. Хотя за свою судьбу он был спокоен, однако размышления, об оставшихся на воле друзьях, не давали покоя: "Где и как там, Миша Шпак, дорогая молодежь, Наташа и другие? Как дорогие милые старцы — любимцы молодежи, а особенно семья Кабаевых — Гавриил Федорович и Екатерина Тимофеевна?" Все это сильно волновало его душу, и только усердные молитвы приносили некоторое успокоение.
Наконец, настал день, когда и его с вещами вызвали на тюремный "вокзал", где он увидел много подобных себе, собранных со всех корпусов, для отправки на пересыльную тюрьму. Это обрадовало Женю, потому что тюремная духота и однообразие истощили физические и духовные силы.
"Черный ворон" был набит арестантами до такой степени, что Женя, впервые в жизни, испытал на себе грубость конвоя и суть бесчеловечности и жестокости безбожного сердца. В каком-то полусознательном состоянии, буквально мокрых с головы до ног, их разгрузили на дворе пересыльной тюрьмы, и после мучительных процедур распределения, санобработки, медицинского осмотра и личного обыска каждого, уже поздно вечером завели, наконец, в одно из огромных помещений.
Единственная лампочка за решеткой, находясь высоко под потолком, едва освещала камеру. Гнетущий полумрак вместе с людским гомоном и табачным чадом был точным подобием того, что в народе называют — адом.