Во всех вновь присоединенных землях спешно учреждались, а вернее, восстанавливались православные епархии. Ну так это объявлялось. Ведь когда-то эти земли входили в состав великой Византийской империи ромеев. Впрочем, было и отличие — все вновь восстановленные епархии и монастыри не возвращались в состав Константинопольской патриархии, а включались в состав Московского патриархата. К окончанию служения Якова Святого Московская православная церковь по числу приходов и прихожан превосходила все родственные православные церкви вместе взятые раза в три-четыре. Особых трений это не вызвало. Во-первых, сводная статистика была в распоряжении только лишь Вселенского и Московского патриархов, а про Московский патриархат и так было известно, что он самый сильный и многочисленный, так что о масштабах явления никто особенно не подозревал. И во-вторых, греки были вполне удовлетворены формальным главенством своего патриарха, а остальные патриархи — достаточно немалым приростом собственной паствы. Включение оформляемых ими земель в состав России привело к значительному снижению смертности и росту населения как вследствие прекращения гонений и повышения уровня жизни, так и вследствие доступа к наиболее передовой в мире русской системе медицинского обеспечения. Причем все строящиеся либо восстанавливаемые на вновь присоединенных или бывших православных землях монастыри, как правило, принадлежали к «особливому списку». И вообще, таковых в составе Московского патриархата уже было едва ли не треть. Впрочем, уровень образования и богословской подготовки насельников остальных монастырей благодаря активному обмену монахами с монастырями «особливого списка» также был довольно высок.
Общее число монастырей в старых европейских губерниях страны, в Сибири и на Дальнем Востоке практически перестало расти, а численность насельников в этих монастырях даже начала сокращаться. Одной из основных причин было то, что во времена графа Салуццо государство резко сократило поддержку монастырей и даже провело частичную секуляризацию церковных земель. И хотя при Федоре III эта поддержка была восстановлена, но не везде, и далеко не в полном объеме. Наиболее активно государство вкладывалось в развитие церкви только на вновь присоединенных землях. В старых же губерниях, как считал царь, церковь должна была зарабатывать своим авторитетом. Причем подобная позиция государя имела полную поддержку Вселенского патриарха Якова, огласившего в своем «Послании к несущим Слово», что церковь держится любовью прихожан и их радением. А ежели она не способна вовлечь своих прихожан в духовную жизнь, стать для них необходимой, важной и насущной, то есть такой, какую они будут поддерживать и без любого принуждения да государева радения — то такая церковь и не нужна никому.