В 1764 г. князю Вяземскому, посланному усмирять крестьян, приписанных к заводам, велено было исследовать вопрос о выгоде вольного труда перед наёмным. Тот же вопрос предложен был вновь учреждённому Экономическому обществу. Прежде всего предстояло решить вопрос о монастырских крестьянах, принявший особенно острый характер ещё при Елизавете. Елизавета в начале своего царствования возвратила имения монастырям и церквам, но в 1757 г. и она, с окружавшими её сановниками, пришла к убеждению в необходимости передать управление церковными имуществами в светские руки. Пётр III приказал исполнить предначертание Елизаветы и передать управление церковными имуществами коллегии экономии. Описи монастырских имуществ производились при Петре III крайне грубо. При вступлении Екатерины II на престол архиереи подали ей жалобы и просили о возвращении им управления церковными имуществами. Она, по совету Бестужева-Рюмина, удовлетворила их желание, отменила коллегию экономии, но не оставила своего намерения, а только отложила его исполнение; она тогда же распорядилась, чтобы комиссия 1757 г. возобновила свои занятия. Приказано было произвести новые описи монастырским и церковным имуществам, но и новыми описями духовенство было недовольно; против них особенно восстал ростовский митрополит Арсений Мацеевич. В донесении к Синоду он выражался резко, произвольно толкуя церковно-исторические факты, даже искажая их, и делая оскорбительные для Екатерины сравнения. Синод представил дело императрице в надежде (как думает Соловьёв), что Екатерина и на этот раз выкажет свою обычную мягкость, надежда не оправдалась: донесение Арсения вызвало такое раздражение в Екатерине, какого не замечали в ней ни прежде, ни после. Она не могла простить Арсению сравнения её с Юлианом и Иудой и желания выставить её нарушительницей своего слова. Арсений был приговорён к ссылке в Архангельскую епархию, в Николаевский Корельский монастырь, а затем, вследствие новых обвинений — к лишению монашеского сана и пожизненному заточению в Ревеле.
Характеристичен для Екатерины следующий случай из начала её царствования. Докладывалось дело о дозволении евреям въезжать в Россию. Новая императрица сказала, что начать царствование указом о свободном въезде евреев было бы плохим средством успокоить умы; признать въезд вредным — невозможно. Тогда сенатор князь Одоевский предложил взглянуть, что написала императрица Елизавета на полях такого же доклада. Екатерина потребовала доклад и прочла: «от врагов Христовых не желаю корыстной прибыли». Обратясь к генерал-прокурору, она сказала: «Я желаю, чтоб это дело было отложено».